يثير وضع الأقليات الشيعية في الدول ذات المذهب السني، إشكالية بالنسبة لحرية المعتقد في العالم العربي. ويعد المغرب من الدول التي قطعت شوطا كبيرا في مجال الحريات، إلا أن عدم السماح للشيعة بتشكيل منظمات أو جمعيات تابعة لهم، يدفع إلى طرح أسئلة عن حرية الفكر والمعتقد، لاسيما موضوع التشيع الذي ترى فيه الدول السنية تهديدا للوحدة المذهبية وللسلام الاجتماعي، بل وتذهب بعض الدول إلى تصنيفه تهديدا لأمنها الوطني. قطع المغرب علاقاته مع إيران عام 2009 عندما اتهم الجمهورية الإسلامية بمحاولة نشر المذهب الشيعي داخل المملكة وزعزعة وحدته الدينية. وشنت حكومة الرباط آنذاك حملة ل"تجفيف منابع التشيع" في المملكة من خلال مصادرة الكتب ومراقبة وتفتيش كل ما يتعلق بإيران. إلا أن ذلك لم يمنع تنامي عدد الشيعة في البلاد. ويقول رئيس منظمة حريات التعبير والإعلام في المغرب محمد العوني، إن القبول بحق الشيعة في الاعتقاد يضع الحقوقيين في مأزق، في حين قال الكاتب والناشر المغربي الشيعي عبد النبي الشراط، إن هناك فرقا بين من تشيعوا لأسباب عقائدية ومن تشيعوا لأسباب سياسية. وأكد الشراط ل"راديو سوا"، أن الدولة المغربية لا تحارب التشيع كمذهب، ولكنها تحارب التطرف بكافة أشكاله، فيما قال العوني إن المنع ليس الطريقة المثلى لمحاربة التطرف. ويرى مراقبون أن استخدام إيران للدين لتحقيق أغراض سياسية ليس جديدا، وهو ما يجعل الدول ذات الأغلبية السنية تتعامل مع مسألة التشيع بقدر كبير من الحساسية.