توترت العلاقات بين الجزائر والثوار الليبيين الذين يتهمون جارتهم الكبرى والقوة العسكرية الاولى في شمال إفريقيا بدعم نظام معمر القذافي وخاصة بإرسال مرتزقة لمساعدته. وبمجرد ان غادر وفد الوساطة الافريقية الجزائر حيث استقبله الرئيس عيد العزيز بوتفليقة، نددت الجزائر في بيان شديد اللهجة "بالتهجم اللامسؤول" للثوار الليبيين واتهمتهم بتدبير مؤامرة ضد مصالحها. وأسفت الجزائر لان "هذا التهجم اللامسؤول لمحاولة اقحام السلطات الجزائرية بأي ثمن، يجعلنا نتساءل عن تصاميم ودواعي الاشخاص الذين يقفون وراء هذه المؤامرة ضد بلد ذنبه الوحيد هو رفض التدخل في الشؤون الداخلية الليبية". والجزائر العضو في اتحاد المغرب العربي الى جانب ليبيا والمغرب وتونس وموريتانيا، تناضل من اجل وقف لاطلاق النار بين الالثوار والقوات النظامية للعقيد معمر القذافي. كما عارضت التدخل العسكري الدولي منذ 19 مارس لدعم الثوار الليبيين. واوضح وزير الداخلية الجزائري دحو ولد قابلية في تصريح نقلته الصحافة الاربعاء 13 أبريل ان "الثوار الليبيين يعتبرون ان من لم يقف معهم فهو ضدهم ... والجزائر لم تنحز لأي طرف". وفي بيان وزارة الخارجية اعتبرت الجزائر انها متهمة "بغير وجه حق" في "دعم مزعوم لنشاط المرتزقة في ليبيا" وهو الاتهام الذي وجهه كذلك القيادي الاسلامي الجزائري عباسي مدني اللاجئ بالدوحة. وتطلب الجزائر دلائل على هذه الاتهامات، وشجعها على ذلك موقف الاتحاد الافريقي الذي اوضح في هذا الصدد ان الامر يتعلق "بتلاعب واضح" و"دعاية". وذكر بيان وزارة الخارجية الجزائرية بالاسم رئيس المجلس الوطني الانتقالي الليبي مصطفى عبد الجليل، الذي اطلق هذه الاتهامات. واعتبر ولد قابلية انه "حتى ولو صح خبر اعتقال مرتزقة جزائريين فانهم مدفوعون بحب كسب المال كما هي الحال بالنسبة لمهربي المخدرات وهم مخالفون للقانون". وشكك الوزير الذي كثف تنقلاته الى المناطق الحدودية في استقلالية الثوار قائلا ان "قوى التحالف هي التي تملي عليهم مواقفهم"، ومشيرا الى ان "الجزائر لا تسير مباشرة في استراتيجية دول التحالف التي تضغظ على الكثير من الدول العربية و وتتدخل في شؤون الدول". ولا يوافق الاستاذ الجامعي محمد هناد على "نظرية المؤامرة" التي تحدث عنها بيان وزارة الخارجية، ولكنه يعتبر ان "تغيير النظام في ليبيا قد يستخدمه المجتمع الدولي للضغط على الجزائر لدفعها لاجراء اصلاحات سياسية". وحتى وان لم تكن العلاقات الجزائرية الليبية دائما في أحسن مستواها فان "الجزائر لن تفرح برحيل القذافي" لأنها ستكون بذلك الدولة الوحيدة في المغرب العربي التي لم تشهد تغييرات بعد تونس وليبيا والمغرب حيث الحديث عن تعديل الدستور لإرساء ملكية برلمانية. وفي جميع الأحوال تذكر الجزائر إنها قامت بثورتها سنة 1989 مع نهاية نظام الحزب الواحد.