في 16 يوليوز 1963 كان اجتماع اللجنة الإدارية الموسعة للاتحاد (المجلس الوطني)، وجاءت الشرطة لمحاصرة مقر الكتابة العامة واعتقال أعضاء المجلس الوطني المجتمعين من أجل اتخاد قرار لمقاطعة الإنتخابات الجماعية والمهنية وكانت التهمة مايسمى ب «المؤامرة « ، حيث في غشت 1963 أعلنت الإذاعة أنه يتجلى من ملف المؤامرة أن شيخ العرب (إسمه الحقيقي أحمد فوزي سقط شهيدا بعد اشتباك مع رجال أوفقير) كان قد قرر اغتيال أحمد رضا كديرة ومحمد أوفقير والمحجوب بن صديق . أعقب ذلك الحصار حملة قمعية ضد الاتحاد شملت حوالي 5000 مناضل اتحادي في المدن والقرى ، و توجت بمحاكمات 1963 و1964 ، كانت الشرطة قد احتلت لعدة سنوات مقر الحزب الرئيسي في الدارالبيضاء وصادرت أرشيفه ومستنداته . كما تعرضت من قبل المطبعة التي تطبع فيها جريدة «التحرير» للحريق بعد انفجار قنبلة التي وضعها رجال الكومندار أحمد الدليمي ، كان اعتداءا إرهابيا شنيعا خطط له أعداء حزب القوات الشعبية من المخزن . بعد المضايقات والاعتقالات، ومحاكمة العديد من المناضلين الاتحاديين أواخر سنة 1963 والتي من بينها حكم بالإعدام غيابيا في حق المهدي بنبركة بتاريخ 9 نونبر 1963 في قضية النزاع الحدودي مع الجزائر. ثم في يناير 1964 بدأت محاكمة مناضلي الاتحاد منها الحكم بالإعدام في حق عضو الكتابة العامة للاتحاد محمد البصري وعضو اللجنة الإدارية الوطنية عمر بنجلون و 9 آخرين وذلك بتاريخ 14 مارس 1964 ، كما أصدرت المحكمة حكما بثلاث سنوات سجنا مع إيقاف التنفيذ في حق عضو الكتابة العامة عبد الرحمان اليوسفي . وفي 20 غشت حول حكم الإعدام إلى المؤبد ، وبتاريخ 13 أبريل 1965 في أعقاب أحداث الدارالبيضاء صدر عفو ملكي عام . وفي يونيو من نفس السنة استعمل الملك الفصل 35 من الدستور ليعلن عن حالة الإستثناء بحل البرلمان وتجميع كل السلط بيده . في 29 أكتوبر 1965 تم اختطاف واغتيال الشهيد المهدي بنبركة في باريس من طرف الأمن الفرنسي بمشاركة كل من المخابرات المغربية والفرنسية والأمريكية والإسرائيلية، ولوحظ أن الجهاز النقابي البورصوي (الاتحاد المغربي للشغل) التزم الصمت في تلك القضية . أما عبد الرحيم بوعبيد قال :»بيننا وبين القصر جثة المهدي « . وفي 11 غشت 1967 تم تشكيل المكتب السياسي للاتحاد بناء على قرار اتخدته اللجنة الإدارية ، من عبد الرحيم بوعبيد وعبدالله إبراهيم والمحجوب بن صديق . وحاول عبد الرحيم بوعبيد أكثر من غيره وبذل جميع الجهود من أجل إقناع جهاز الاتحاد المغربي للشغل بضرورة الوحدة رغم المجابهات ورغم الإستفزازات المنهكة إلى أن حصل إتفاق سنة 1967 . وفي نفس الشهر والسنة بدأت تصفية الأطر النقابية الاتحادية من طرف العناصر البيروقراطية البورصاوية .