يرجع أقدم نص رسمي حول «الزندقة» إلى الوصية التي كتبها الخليفة المهدي إلى ابنه الهادي: «يا بني فرقة تدعو الناس إلى ظاهر حسن كاجتناب الفواحش والزهد في الدنيا والعمل للآخرة، ثم تخرجها الى تحريم اللحم ومس الماء الطهور، وترك قتل الهوام تحرجا وتحوبا، ثم تخرجها من هذه إلى عبادة اثنين: أحدهما النور، والآخر الظلمة، ثم تبيح بعد هذا نكاح الأخوات والبنات، والاغتسال بالبول، وسرقة الأطفال من الطرق، لتنقذهم من ضلال الظلمة إلى هداية النور فارفع فيها الخشب، وجرد فيها السيف، وتقرب بأمرها إلى للّه لا شريك له، فاني رأيت جدك العباس في المنام قلدني بسيفين، وأمرني بقتل اصحاب الاثنين». واضح من هذا النص أن مصطلح الزندقة أطلق على أتباع الديانات المانوية أو المثنوية الذين كانوا يعتقدون بوجود قوتين أزليتين في العالم وهما النور والظلام. غير أن التطورات اللاحقة دفعت الفقهاء إلى تعميم المصطلح تدريجيا على الملحدين وأصحاب البدع والماجنين من الشعراء والكتاب. يقول الدكتور عبد الرحمن بدوي مفهوم الزندقة بقوله «فلفظ زنديق لفظ غامض مشترك قد اطلق على معان عدة، مختلفة فيما بينها على الرغم مما قد يجمع بينها من تشابه. فكان يطلق على من يؤمن بالمانوية ويثبت أصلين أزليين للعالم:هما النور والظلمة. ثم اتسع المعنى من بعد اتساعا كبيرا حتى أطلق على كل صاحب بدعة وكل ملحد، بل انتهى به الأمر أخيرا الى أن يطلق على كل من يكون مذهبه مخالفا لمذهب أهل السنة أو حتى من كان يحيا حياة المجون من الشعراء من الشعراء والكتاب من إليهم». ويطلق اسم زنديق بالفارسية (زندكراي)على الملحد الذي لا يؤمن بوحدانية لله، ولا باليوم الآخر وقد شاعت الزندقة في فارس وأطلقت على من ظل معتنقا تعاليم «مزدك» و«ماني»، والتي تدعو الى عبادة إلهين إله النور والظلمة وأباحت ما حرم الإسلام من محرمات وتأثرت بعقائد الهند التي تقول بالتناسخ والحلول ثم تدثرت بدثار الشيع وأحدث تقاوم الاسلام. وقد استعمل البعض، أيضا، تسمية «زنديق» لكل من خالف مذهب السنة. يصف البعض تيارات معينة من «الصوفية بالزندقة» كما أصبحت كلمة «الزندقة» صفة تطلق اعتباطا في السياسة آنذاك. ومع أن الزنادقة ظهروا في الإسلام، وشاع ذكرهم، بل اتهم علماء وفقهاء بالزندقة، إلا أن المؤرخين لم يعيروها اهتماما كبيرا، فيما عرض لها الذين خاضوا فيها على نحو سطحي. فهناك كتب تاريخية تتحدث عن الحرب الشديدة التي تعرضوا لها في زمن العباسيين. إذ ورد ذكرهم في «الفهرست» لابن النديم، و«الأغاني» لابي فرج الاصفهاني، و«مروج الذهب» للمسعودي. واستند عبد الرحمن بدوي في كتابه الذائع الصيت «من تاريخ الالحاد في الاسلام» على «الأغاني» لينقل لنا تلك الهجمة الشرسة التي تعرضوا لها بأمر من الخليفة المهدي، إذ ذكر الأصفهاني أنه ألقي القبض على معظمهم وأمر الخليفة، الذي كان حينئذ في دابق، بقتل بعضهم وتمزيق كتبهم. وجرى تخصيص قضاة لهذا الغرض. كان القضاة في العادة يطالبونهم بترك «الزندقة» وللتأكيد من إنهم فعلا خرجوا عن «الزندقة» كانوا يطالبون المتهم بالبصق على صورة «ماني بن فتك»، وأن يذبح حيوانا تحرمه المانوية. أما الطبري، فينقل أن تهمة «الزندقة» استعملت أيضا استعمالا سياسيا من أجل تصفية الخصوم، حيث اتسع مدلولها ليشملهم. ومما أسلف، يتضح أن الزندقة، التي بدأت في أواخر حكم بني أمية، بلغت أوجها وخرجت الى العلن في العصر العباسي، وتحديدا في عهد الخليفة المنصور الذي أعلن الحرب على الزنادقة، ثم اشتدت تلك الحرب في عهد الخليفة المهدي الذي لقب «بجزار الزنادقة»؛ ف»قام بتكليف القاضي عبد الجبار المحتسب بمتابعة كل الزنادقة، واستمر اضطهاد الخليفة المهدي لزنادقة الى ما بين 166 و170 ه. حيث وصل الاضطهاد إلى ذروته. فأصبح يقبض عليهم لأقل تهمة أو شبهة. ولنا في الوصية التي تركها لابنه الهادي خير دليل. وبهذا واصل كل من الخليفة الهادي والمأمون والمعتصم محاربتهم واضطهادهم لحركة الزنادقة التي تشكلت من مفكرين وشعراء ومبدعين وأدباء وفلاسفة، فنكلوا بهم وأحرقوا كتبهم. ويكفي أن أسماء مثل: أبي العلاء المعري وبشار بن برد والحلاج وأبي حيان التوحيدي وابن الراوندي وابن المقفع وغيرهم، لنقف على حجم الاضطهاد الذي تعرض له رموز التفكير الإسلامي الحر من من طرف السلطة السياسية القائمة التي استمرت في محاربتها للفكر النقدي، ووضعت أغلبية الفلاسفة في خانة الملحدين الكفار «الذين يريدون إفساد عقيدة المسلمين».