في خطوة تعتبر الأولى من نوعها بكلية أصول الدين بتطوان، أقدمت إدارة هاته الأخيرة على وضع أسلوب أمثل ونظام أفضل لفهرسة مكتبة الكلية، هاته المبادرة ساهم فيها طلبة ماستر العقيدة والفكر الإسلامي بالكلية بعدما قدمت لهم من طرف الإدارة شروحات في الموضوع والكيفية التي سيتم بها تنظيم قائمة أسماء الكتب والمراجع ليسهل إدخالها وتهيئتها إلى حاسوب الكلية الذي يعمل وفق برنامج معلوماتي متطور، كما سيتم ربط هذا العمل بموقع الكلية على الشبكة العنكبوتية تعميما للفائدة وتسهيلا للبحث العلمي على طالب العلم. وللإشارة فالكلية تضم مجموعات متنوعة من المراجع والمصادر والدوريات التي تزود الأساتذة والطلاب بالمعلومات القيمة التي تستجيب لحاجات روادها في ميادين البحث العلمي الذي تهتم به الكلية في إطار خطة تسعى لمسايرة الإنتاج العلمي الحديث ، هذا ويبلغ مجموع الكتب المتوفرة بمكتبة أصول الدين مايفوق عشرون ألفا، بالإضافة إلى الدوريات وبحوث الإجازة. وقد أضيفت إلى مقر كلية أصول الدين مكتبة المعهد الديني العالي وهي أقدم المكتبات العمومية بتطوان ويوجد بها نحو مائة مخطوط،وثلاثة آلاف كتاب في العلوم المختلفة ، وهي في الأصل مما حبسه السلاطين والخواص على طلبة العلم.