دعا الشيخ مصطفى بن حمزة من خلال كلمة ألقاها مساء يوم الأحد 7 أكتوبر2012 بمناسبة افتتاح السنة الدراسية الجديدة 2012/2،013 بمدرسة ورش لتحفيظ القرآن وتدريس علومه ببركان،دعا وزارة الأوقاف والشؤون الإسلامية إلى أن ترفع يدها عن هذا التعليم ووجه الكلمة مباشرة إلى مندوب الوزارة الذي كان حاضرا بالمنصة، وانتقد العلامة ما سماه إفراغ هذه المؤسسات من محتواها الحقيقي وذلك عن طريق ما يصبوا إليه البعض من إلغاء شرط حفظ القرآن الكريم للولوج إلى هذه المدارس والاقتصار فقط على بعض الأحزاب منه ، هذا ما أعتبره بن حمزة منافيا للمقصود الأساسي من هذه المدارسة وهو تكثير الحفظة ونشر ثقافة حفظ القرآن في المجتمع ، ليقرر بعبارة حاسمة " بأنه لا تعليم عتيق دون حفظ القرآن الكريم " واعتبر أن المصداقية التي يكتسبها هذا التعليم والأموال التي ترصد له من طرف المحسنين إنما هي بسب ارتباطه بالقرآن الكريم... ودعا الشيخ وزارة الأوقاف إما إلى أن تحافظ على أصالة هذه المدارس أو ترفع يدها عنها ... وجاءت كلمة العلامة بن حمزة هذه عقب مقدمة ذكر فيها بالدور التاريخي لهذه المدارس والمخططات الخبيثة التي حاكها الاستعمار تجاه هذه المدارس لنيل من مكانتها وتهميشها . وعبارات بن حمزة وقوة موقفه هذا عكست فعلا نموذجا للعلماء المستقلين في آرائهم عن أي سلطة ،هؤلاء الذين لا يترددون في قول كلمة الحق إذا مس ثابت من ثوابت الأمة .