مثل الطلبة المعتقلون بفاس أمام قاضي التحقيق بغرفة الجنايات بمحكمة الاستئناف بفاس، ووجه القاضي لهم تهما تتعلق بمحاولة القتل وضع متاريس بالطريق العمومية وإهانة الموظف أثناء قيامهم بمهامهم ورشقهم بالحجارة، وكذا التجمهر المسلح في أماكن عمومية بدون ترخيص، بالإضافة إلى الانتماء إلى جمعية غير مرخص لها، وانتزاع عقار، في إشارة إلى بناية الحي الجامعي، وتوزيع مناشير تحريضية بدون ترخيص، وتعييب أشياء مخصصة للمنفعة العامة، وقرر قاضي التحقيق متابعة الطلبة الذين ينتمي أغلبهم إلى النهج القاعدي وعددهم ,12 عشرة منهم تم إيداعهم بالسجن المحلي لعين قادوس، فيما ستتم متابعة إثنين في حالة سراح مؤقت، وتم تحديد يوم 21 أبريل 2009 موعدا لجلسة التحقيق التفصيلي.