بعد التقرير الصادم الذي أعده المجلس الأعلى للحسابات والذي تحدث عن خروقات كبيرة شابت صفقة اللقاحات في عهد الوزيرة السابقة ياسمينة بادو،جاء رد لحسين الوردي على هذا التقرير. جواب الوردي على قضاة المجلس الأعلى للحسابات أكد على أن هذه الصفقة عرفت عددا من الاختلالات، وقال إن مسطرة إدخال اللقاحين كانت موضوع العديد من التساؤلات المثارة من طرف عدد المتدخلين الذي طرحوا أسئلة حول المسطرة التي تم نهجها لاقتناء هذين اللقاحين، وأما هذا الوضع تم تكليف المفتشية العامة لوزارة الصحة للتقصي حول الموضوع. ومن أهم خلاصات المفتشية أنه تم تفويت عقدة توريد اللقاحين بموجب صفقة-إطار، وهذا النوع من الصفقات "لم يكن الاختيار الأمثل وذلك في غياب الرؤية في مجال تمويل تلك الصفقتين بحيث أن الاعتمادات المالية لهما كانت تخضع سنويا لمناقشة وزارة المالية"، كما أن الوزارة قالت في ردها على تقرير المجلس الأعلى للحسابات بأنه نظرا لكون اللقاحين الجديدن لهما تكلفة عالية، فإن عقد صفقة-إطار لم يكن ليسمح بالاستفادة من التقلبات المحتملة في الأثمنة. كما أشار رد وزارة الصحة إلى أن دفاتر التحملات المتعلقة باللقاحين جمع لأول مرة في مجال اللقاحات ما بين توريد اللقاحين والقيام بمساعدة تقنية معقدة ومتنوعة، وإذا كان تسليم اللقاحين قد تم تفصيله في دفتر التحملات فإنه بالعكس من ذلك فالمساعدة التقنية الموجودة في العقدين "لا تشمل توضيحات مفصلة حول طريقة التنفيذ والتسلم الشيء الذي لا يسمح بوجود مرجع يسهل تتبع التنفيذ وأداء والمساعدة التقنية". كما انتقد الوردي عدم استشارة ياسمينة بادو مع اللجنة الوطنية التقنية والعلمية للتلقيح "فعلى الرغم من طابعها الاستشاري فإن الاستشارة القبلية معها كان سيعطي تبريرا أكثر لقرار إدخال اللقاحين. وأمام جميع هذه الاختلالات فإن قرار الوردي كان هو وقف تنفيذ الصفقتين المتعلقتين باللقاح، "خصوصا أمام عدم وضوح الرؤيا فيما يتعلق بتمويل الصفقتين وكذا صعوبة تنفيذ المساعدة التقنية".