عرف المغرب بأنه كان طوال فترة التسعينات الوجهة المفضلة لعناصر الجماعات الإسلامية المسلحة , بما فيها القاعدة بعد تأسيسها, لوضع قواعدها الخلفية لتكون جسر عبور الدعم اللوجستي لعناصرها بالنسبة للناشطين بالجزائر, أو محطة استراحة قبل التوجه نحو أروبا بالنسبة للباقين. وكان نشطاء التيار السلفي الجهادي من ليبيين وسعوديين وجزائريين بالمقابل يستبعدون المغرب من ساحة عملياتهم المحتملة ضد المصالح الغربية خاصة بعد تأسيس زعيم القاعدة للجبهة العالمية ضد اليهود والصليبيين . وتكشف عدة تقارير إعلامية لم يتم تكذيبها أن أسامة بن لادن أقام خلال مطلع التسعينيات لمدة ثلاثة أشهر كاملة في المغرب لمشاركة الأفغان الجزائريين والمغاربة بدايات «الجهاد» في الجزائر حيث تكثفت لقاءات قيادات الجماعة الإسلامية المسلحة بالمنطقة. ويقال إن زعيم تنظيم القاعدة أقام ثلاثة أشهر بالرباط «عندما اضطر لمغادرة أفغانستان عقب إمساك المجاهدين الأفغان بزمام الحكم بعد رحيل القوات السوفياتية وبعد حرب الخليج». وبعد اندلاع الأزمة الجزائرية وعودة آلاف الجزائريين الأفغان إلى بلادهم ليشكلوا الجماعات المسلحة الأكثر تطرفا في الساحة العربية وقتها، توجه بن لادن إلى الرباط حيث أمضى 3 أشهر في فندق قريب من نهر أبي رقراق وشرع في عملية بحث جادة بمساعدة عدد من السماسرة عن بيت يشتريه ليكون مقرا لإقامته الدائمة, لكن السلطات المغربية «لم تكن مرتاحة لهذا الضيف الذي تعرف سجله بالتفصيل إلا أنها لم تتسرع لطرده ولم تعمل على إزعاجه البتة» وتابعت أنه «بعد عدم حصوله على إقامة دائمة بالمغرب انتقل بن لادن على مضض إلى السودان». ورأى بأن مجيئ أسامة بن لادن إلى المغرب كان رفقة عدد من المغاربة الذين شاركوا في الحرب الأفغانية والذين كانوا يخضعون، حسبها، «إلى الرقابة المستمرة». وذكرت تلك التقارير أن من بين المهام الأساسية التي كان يقوم بها الأفغان المغاربة الذين كانوا يعملون تحت لواء وإشراف أسامة بن لادن هو توفير الدعم اللوجستي للجماعات الجزائرية «على الأراضي المغربية» من مثل «تهريب السلاح إلى الجزائر من أوروبا عبر المغرب وتهريب الأشخاص وبالأخص النشطاء الإسلاميين نحو أوروبا عبر المغرب». ولم تخف التقارير كون الموقع الجغرافي للمغرب له «مقومات استراتيجية نادرة تثير شهية الاستخبارات وشبكات التهريب ومافيا المخدرات، ولم لا التنظيمات المسلحة المعادية للمغرب» لتعرب عن قناعتها من أن «هذه المميزات هي التي دفعت أسامة بن لادن إلى اختيار المغرب كبلد إقامة رسمي وقاعدة أساسية لتنظيمه القاعدة ومنطلقا لحرب مقدسة ضد الغرب». ومبرر ذلك أن بن لادن لم تكن بيده خيارات كثيرة «أمام انسداد المنافذ بمنطقة الخليج والشرق الأوسط، كما لم يكن من الممكن أن يغامر بالابتعاد كثيرا عن محيط المنطقة العربية التي يملك فيها خزانا ممن يعرفون بالعرب الأفغان، أولئك الذين تطوعوا للقتال في أفغانستان ضد السوفيات». لكن انخراط الحكومة المغربية بعد ذالك في السياسة الأمريكية للحرب على الإرهاب، وما تلاها من إجراءات، جعل مواقف التنظيمات الإسلامية المسلحة تتغير , خاصة بعد الإعلان عن تفكيك خلية تابعة للقاعدة ضمت 3 سعوديين حيث أصبحت خيوط الهدنة السابقة تتلاشى. والذي أوضحه البلاغ الصادر عن وزارة الداخلية بخصوص ما وصفته بتفكيك خلية لتنظيم القاعدة تسللت إلى المغرب وقتها هو أن العملية تندرج في إطار التزام المملكة المغربية بمكافحة الإرهاب الدولي، وأنها نتيجة للتعاون الأمني اليقظ والفعال مع المصالح الأجنبية ولاسيما السعودية والأمريكية منها. لتصبح المملكة بعد تأسيس تنظيم القاعدة ببلاد المغرب الإسلامي نهاية سنة 2006 تواجه خطر نفس العناصر التي كانت تغض الطرف عن نشاطها العابر بالمغرب. و الذي ميز هذا الإعلان عن تسمية القاعدة هو انتقال بنية تنظيمية جاهزة هي «الجماعة السلفية للدعوة والقتال» المتمركزة في جبال الجزائر ومعسكرات متحركة بالصحراء الكبرى على الحدود الجزائرية الموريتانية المغربية المالية إلى العمل وفق أجندة تنظيم القاعدة الدولي ، وهو ما يفيد أن القاعدة بهذا التحول الذي عرفته بالمنطقة المغاربية لم تعد مجرد فكرة إلكترونية يتلقاها الشباب عبر الإنترنت ثم يمتثلوا لها بتكوين خلايا مستقلة منفصلة تبادر إلى تفجير نفسها بشكل عشوائي باستخدام أحزمة ناسفة لا تكلف سوى 200 درهم للحزام الواحد وجميع مواد تصنيعه موجودة بالأسواق المغربية, و إنما أصبحت معسكرات جبال الجزائر مدرسة لتكوين إرهابيين من دول المنطقة يتم إعادة توزيعهم فيها, ومن بينها المغرب. وهو ما أثبته شريط التنظيم الذي أظهر شبابا مغاربة يتوعدون فيها النظام المغربي وأجهزته الأمنية بأعمال إرهابية.