لاحظ تقرير المجلس الأعلى للحسابات أن نسبة النجاح التي تعتبر معيارا لقياس جودة التعليم ضعيفة بجامعة القاضي عياض، لأن عدد الطلبة الذين تمكنوا من الحصول على الإجازة في ثلاث سنوات بالنسبة للمؤسسات ذات الولوج غير المحدود يقارب نسبة 24 بالمائة فقط. وبخصوص تقييم جودة الدبلوم لاحظ تقرير المجلس الأعلى للحسابات أن جامعة القاضي عياض لا تتوفر على مساطر لمتابعة وتقييم نسبة إدماج خريجيها في الحياة العملية . كما وقف التقرير عند ضعف عدد الطلبة المسجلين في المسالك المتعلقة بالهندسة والتكنولوجيات الجديدة والطب مقارنة مع عدد الطلبة المسجلين بالمسالك الأدبية والعلمية والقانونية والاقتصادية بما يفوق 70 بالمائة . وبالنسبة للبحث العلمي فقد سجل التقرير أن جامعة القاضي عياض التي بلغت ميزانيتها سنة 2007 مايفوق 219 مليون درهم تعاني من غياب أية استراتيجية للبحث العلمي والتكنولوجي واقتصرت الجامعة على عقد اتفاقيات بحث. إذ بلغ عدد مشاريع البحث العلمي التي استطاعت أن تجلب التمويل 125 مشروعا بمبلغ 26،60 مليون درهم تقتسمه ثلاث مؤسسات هي كلية العلوم السملالية وكلية العلوم والتقنيات وكلية العلوم القانونية. ويلاحظ المجلس الأعلى للحسابات زيادة في رصد تجليات الخلل في أداء هذه الجامعة أنها لا تتوفر على نظام لتقييم البحث العلمي مما لا يسمح بمتابعة برامج ومشاريع البحث. وعلى مستوى الحكامة لاحظ التقرير أن مجلس الجامعة لا يمارس اختصاصاته فيما يتعلق بوضع الحسابات النهائية للجامعة. إذ تم توقيع مجموعة من الاتفاقيات في مجال البحث العلمي بدون موافقة المجلس. ومن مظاهر الخلل في جامعة القاضي عياض التي وقف عليها تقرير المجلس الأعلى للحسابات التسييرالمتخلف للمكتبات الجامعية التي تعتبر مجرد قاعات للمطالعة ولا توفر لمستعمليها سوى خدمات محدودة تتعلق باستعارة الكتب في شروط محكومة باستخدام محدود للتكنولوجيات الجديدة.