فاجأ تقرير المجلس الجهوي للحسابات برسم سنة 2008 عددا من متتبعي مسار جامعة القاضي، بتضمنه لملاحظات جوهرية حول التدبير المالي والإداري لهذه المؤسسة؛ على اعتبار احتلالها لمراكز متقدمة على الصعيد الوطني حسب تصنيفات عالمية، وحصولها كأول جامعة مغربية على شهادة الجودة إيزو. وأوضحت مصادر مطلعة أن تلك التصنيفات تهم فقط نسبة ورود اسم الجامعة في المواقع الإلكترونية، كما أن التقرير يتحدث عن وضعية ,2008 في الوقت الذي سارعت الجامعة إلى سد الثغرات بعد ذلك التاريخ للحصول على شهادة الجودة، وأضافت مصادر أخرى أن عددا كبيرا من تلك الاختلالات مازالت قائمة ووجب العمل بتوصيات المجلس بشأنها. وكانت أهم ملاحظة سجلها التقرير هي النسبة المتدنية للنجاح في صفوف الطلبة وغياب استراتجية للبحث العلمي والتكنولوجي على مستوى الجامعة، وسوء تدبير الميزانية، وأن أموالا تم التوصل بها من قبل الجامعة في إطار مشاريع البحث والتكوين وضعت في حسابات بنكية بدون الحصول على ترخيص مسبق من قبل الوزارة المكلفة بالمالية، كما لم تدمج النفقات المؤداة بواسطة هذه الأموال في إطار ميزانية الجامعة. كما شدد على ضمان متابعة صارمة لإنجاز الصفقات، واحترام القانون المتعلق بالإسهام في المقاولات الخاصة. وفي الوقت الذي فضل محمد مرزاق، رئيس الجامعة، عدم الرد على كل الملاحظات التي جاءت في التقرير، أوصى المجلس برصد العوامل المفسرة للنتائج الضعيفة بالنسبة للتكوين الأساسي بالجامعة ذاته، مطالبا بتحسين جودة التكوين المستمر، وتوضيح محتواه وشروط ولوجه وسير هذه التكوينات ووضع نظام لمتابعة الخريجين والمدمجين بالحياة العملية. ونبه إلى ضرورة احترام المعايير المتعلقة بشراء وتخزين واستعمال والتخلص من المواد الكيماوية الخطيرة، مع وضع نظام مندمج لتسيير البحث العلمي والتشارك في استعمال وسائل هذا البحث واتباع سياسة لصيانة المعدات العلمية. وأشار التقرير أن نسبة عدد الطلبة الذين تمكنوا من الحصول على الإجازة في ثلاث سنوات بالنسبة للمؤسسات ذات الولوج غير المحدود 24 في المائة من الطلبة، وسجلت كلية العلوم السملالية أضعف نسبة ب86,12 في المائة، وأضاف التقرير أنه بالرغم من الوتيرة المرتفعة لعدد الطلبة الحاصلين على دبلوم السلك العالي (225 دكتوراة بما فيها المتعلقة بالطب برسم الموسم الجامعي 2007 - ,2008 بينما بلغ هذا العدد فقط 97 سنة 2004 - 2005 و 186 دبلوما للدراسات العليا المتخصصة والماستر ودبلوم الدراسات العليا المعمقة، في حين لم يتجاوز عدد هذه الدبلومات 52 دبلوما سنة 20042005)، ويستند تقييم جودة الدبلوم عموما على معياريين اثنين وهما إدماج الحاصلين على دبلومات في الحياة العملية والتسجيل للحصول على دبلوم عالي. وبهذا الصدد، لم تضع الجامعة، يشير التقرير، مساطر لمتابعة وتقييم نسبة إدماج خريجي الجامعة في الحياة العملية من خلال جمع المعلومات عن الخريجين الذين يتحملون مسؤوليات مهمة بالقطاع العام أو الخاص. ولاحظ التقرير ضعف عدد الطلبة المسجلين بالمسالك المتعلقة بالهندسة والتكنولوجيات الجديدة والطب، مقارنة بعدد الطلبة المسجلين بالمسالك الأدبية والعلمية والقانونية والاقتصادية، وهو ما يمثل نسبة تفوق 70 في المائة، كما أقدمت الجامعة على إحداث مسلك بدون الحصول على موافقة الوزارة الوصية. ويتعلق الأمر بمسلك الهندسة (صناعة وأمان مواد) بكلية العلوم والتقنيات بمراكش، إذ بلغ عدد المسجلين بهذا المسلك 64 طالبا مهندسا مابين 2003 و.2004