إن الخلل المناعى يكون نتيجة لفقد القدرة على التعرف على بعض الأنسجة بالجسم والتعامل معها على أنها جسم غريب، ويقوم بمهاجمتها وإفراز أجسام مضادة ضد أنسجته ويعتبرها غريبة وبهذا تحدث ما يسمى أمراض المناعة الذاتية، ومنها "الذئبة الحمراء والروماتويد والتهاب العضلات المناعى ومرض تيبس الجلد ومرض الجلطات المناعية وتصلب الجلد المناعى وارتفاع ونقص نشاط الغدة الدرقية". الحالة النفسية السيئة تؤدى إلى خلل فى الجهاز العصبى، لافتاً إلى أن معظم المرضى الذين يعانون من حالات نفسية سيئة يوجد عندهم مشاكل فى الجهاز العصبى والتنفسى وبعض الإصابات نتيجة الخلل المناعى.
ومن جانب آخر، يختلف الخلل المناعى عن نقص المناعة، لأن نقص المناعة يكون غالباً خلقياً يولد به الطفل، وأحيانًا يكون نتيجة لنقص كفاءة بعض الأجهزة ويسمى نقص المناعة المكتسب، وبعض الأمراض الناتجة عنه أمراض سرطان الدم والغدد الليمفاوية ومرض السكر.