من المنتظر أن تشهد جامعة القرويين ، تغييرا جذريا على المستوى التنظيمي، و ذلك بعد صدور ظهير يحمل رقم 71.15.1 بالجريدة الرسمية للعدد 24/6/2015، يحدد مهام أعرق جامعة في العالم وقائمة المؤسسات والمعاهد التابعة لها وكيفية سيرها ونظام التكوين والدراسة بها . و يتضمن المشروع الذي بمثابة قانون ما يلي : توضع الجامعة تحت الرعاية السامية لجلالة الملك ، وتخضع لوصاية الدولة في شخص وزير الأوقاف والشؤون الاسلامية، الذي يرأس مجلسها ويقترح على الملك تعيين رئيسها ونائبه. أهم ما في هذا الظهير وان كان لا يشير اليه بتاتا هو مصير الكليات التي تتبع الجامعة حاليا والتي أمست هي وأطرها وطلبتها كالأيتام الذين يبحثون عمن يأويهم ، ويتعلق الأمر بكلية أصول الدين بتطوان ، والشريعة بفاس وأكادير، واللغة العربية بمراكش، وكلية العلوم الشرعية بالسمارة . الظهير عوض الكليات المومإ إليها بالمؤسسات التالية التي أصبحت تشكل البنية الجديدة للجامعة وهي : - مؤسسة دار الحديث الحسنية . - معهد محمد السادس للقراءات والدراسات القرآنية بالرباط . - معهد محمد السادس لتكوين الأئمة والمرشدين والمرشدات بالرباط . - المعهد الملكي للبحث في تاريخ المغرب . - معهد الفكر والحضارة الاسلامية في الدارالبيضاء. - جامع القرويين للتعليم النهائي العتيق بفاس . كما سيتم احداث معهد لتاريخ العلوم الإسلامية يكون تابعا للجامعة ، وقد صدر الظهير المؤسس له بنفس الجريدة ، كما تلحق المدرسة القرآنية التابعة لمؤسسة مسجد الحسن الثاني بالدارالبيضاء ، بالجامعة على مستوى الإشراف. وبخصوص مصير الكليات التي تخلت جامعة القرويين عنها ، فتتحدث المصادر عن إلحاقها بالجامعات الموجودة بالمدن التي تستوطنها ، وهكذا على سبيل المثال ستلحق كلية أصول الدين ابتداء من 20 غشت بجامعة عبد المالك السعدي.
