في تحول غير مسبوق، تشهده جامعة القرويين بفاس، أعاد الملك محمد السادس تنظيم أقدم مؤسسة للتعليم العالي في العالم الإسلامي. الملك محمد السادس أصدر ظهيرا جديدا نشر بالجريدة الرسمية يعيد من خلاله إعادة تنظيم جامعة القرويين ويحدد مهامها المنوطة بها. الظهير سحب جامعة القرويين من وزارة التعليم العالي والبحث العلمي وتكوين الأطر وألحقها بوزارة الأوقاف والشؤون الإسلامية، لتصبح بذلك مؤسسة تابعة للمجال الديني المحفوظ للملك محمد السادس. وأكد الملك محمد السادس،" أن إعادة تنظيم جامعة القرويين يأتي انطلاقا من الإمامة التي طوق الله بها عنقه، وحماية الملة والدين، وحرصا منه على أن تستعيد جامعة القرويين، ودورها الريادي الذي اضطلعت به منذ نشأتها، ورغبة منه في جعلها مؤسسة علمية مرجعية للتكوين المتخصص والمتميز والرصين في علوم الدين وفي تاريخ الفكر والحضارة الإسلامية، وسعيا منه إلى تنمية البحث العلمي وتطوير مناهجه في الدراسسات الاسلامية عامة، والفقه المقارن والتراث الفقهي المالكي منه بوجه خاص". ووضع الظهير جامعة القرويين تحت الرعاية السامية للملك محمد السادس، كما أخضعها لوصاية الدولة التي يمارسها وزير الأوقاف والشؤون الاسلامية. وسيدير الجامعة مجلس، يترأسه وزير الأوقاف والشؤون الاسلامية،وسيسيرها رئيس معين بظهير من بين أساتذة التعليم العالي.