خرجت جامعة القرويين من وصاية وزارة التعليم العالي ودخلت حيز المؤسسات التي تشرف عليها وزارة الاوقاف والشؤون الاسلامية وذلك بموجب ظهير ملكي صدر يوم الجمعة 26 يونيو 2015 بالجريدة الرسمية. وينص الظهير على إعادة تنظيم جامعة القرويين وتحديد مهام وقائمة المؤسسات التابعة لها وكيفيات سيرها ونظام الدراسة والتكوين بها. وأكد الظهير أن جامعة القرويين توضع تحت الرعاية السامية للملك، وتخضع لوصاية الدولة التي يمارسها وزير الأوقاف والشؤون الاسلامية، وهو ما يعني خروجها من قائمة الجامعات العادية التابعة لوزارة التعليم العالي. ويدير الجامعة حسب النظام الجديد مجلس يترأسه وزير الأوقاف والشؤون الاسلامية، ويتكون من رئيس والأمين العام للمجلس العلمي الأعلى، ومدير التعليم التعليم العتيق بوزارة الاوقاف، ومدير جامع القرويين للتعليم النهائي العتيق، ومديرالمدرسة القرآنية التابعة لمسجد الحسن الثاني، إضافة إلى أربعة علماء مغاربة، وممثلين عن الأساتذة والطلبة. وبناء على النظام الجديد، سيدخل تحت جامعة القرويين عدد من المؤسسات والمعاهد من أهمها، دار الحديث الحسنية، ومعهد محمد السادس للقراءات والدراسات القرآنية، ومعهد محمد السادس لتكوين الأئمة والمرشدين، والمعهد الملكي للبحث في تاريخ المغرب، ومعهد الفكر والحضارة الاسلامية بالدار البيضاء، إضافة إلى جامع القرويين للتعليم النهائي العتيق بفاس. وفي الوقت الذي لم يشر الظهير إلى ما يتعلق بمصير المؤسسات الجامعية التابعة حاليا لجامعة القرويين وهي كلية أصول الدين بتطوان، وكلية اللغة العربية بمراكش، وكليات الشريعة بفاس وأيت ملول والسمارة؛ رجحت مصادر من داخل جامعة القرويين أن يتم إلحاق هذه الكليات بالجامعات الواقعة في نفوذها، حيث ستبقى تحت إشراف وزارة التعليم العالي. وحدد الظهير المهام الجديدة للجامعة في تكوين علماء وباحثين متخصصين في مجال الدراسات القرآنية والعلوم الشرعية والدراسات العليا المعمقة، وكذا تكوين الأئمة والمرشدين والمرشدات وتأهيلهم تأهيلا معمقا، إضافة إلى إعداد برنامج خاص للتكوين والتأهيل والتكوين المستمر في مجال التأطير الديني.