كان جامع القرويين يدبر من قبل وزارة الأوقاف والشؤون الإسلامية، لكن السلطات قررت في سنة 1963 إحداث جامعة القرويين وضمها إلى وزارة التعليم العالي، وشهد العام نفسه ميلاد ثلاث كليات تابعة للجامعة في فاس ومراكش وتطوان، وفي سنة 1979 أحدثت كلية الشريعة بأكادير، وأضيفت إلى هذه المجموعة. بينما تقرر الإبقاء على جامع القرويين تحت وصاية وزارة الأوقاف والشؤون الإسلامية، ويدبر هذا الجامع في إطار ما يعرف بالتعليم العتيق بالمغرب.