ينقسم كتاب "الإخوان المسلمون.. قراءة في الملفات السرية"، للباحث السياسي عبدالرحيم علي، المتخصص في شؤون الحركات الإسلامية، إلى ثلاثة أبواب، يرصد في الباب الأول «الإخوان والانتهازية السياسية»، علاقة الإخوان بالواقع السياسي المصري، وما حدث من انشقاقات انتهازية داخل الجماعة، بينما يعرض الباحث في الباب الثاني «الملفات السرية»، ملفات العنف والتنظيم الدولي وموقف الإخوان بين ما هو ديني، وما هو سياسي، وعلاقة الإخوان بالولايات المتحدة الأميركية. أما الباب الثالث، في الكتاب الصادر عن الهيئة المصرية العامة للكتاب، فهو بعنوان «دولة الإخوان»، ويرصد فيه المؤلف الإطار الفكري لجماعة الإخوان، وعلاقتها بتنظيم القاعدة، من خلال الغايات الاستراتيجية والارتكازات الفكرية المشتركة بينهما. وقد احتوى الكتاب على مجموعة وثائق ترصد نمو وصعود وتناقض الإخوان المسلمين، من بينها ما كتبه «الرجل الثاني في التنظيم أحمد السكري عن مؤسس الجماعة حسن البنا، وكيف هاجم بضراوة البنا، إلى حد اتهامه بالانزلاق في مستنقع الانتهازية، ووثيقة لوكيل الجماعة عبدالحكيم عابدين، بالإضافة إلى النص الكامل للتحقيقات في قضية اغتيال النقراشي، ومحضر التحقيق مع يوسف طلعت في قضية محاولة اغتيال جمال عبدالناصر في المنشية.