منذ توقيع المغرب والاتحاد الأوروبي اتفاقية الصداقة وحسن الجوار، قام الأخير بإدماج كلي لسبتة ومليلية المحتلتين في كل المشاريع الأمنية والسياسية والاقتصادية الأوروبية. وحدث هذا بسبب عدم استمرار المغرب في تقديم اعتراض كما كان يحدث في التسعينات. وكان الاتحاد الأوروبي في البدء يأخذ ملف سبتة ومليلية بنوع من التحفظ ويرفض الكثير من مشاريع اسبانيا التي كانت تدرج المدينتين في المشاريع الأوروبية. وكان تحفظ الاتحاد الأوروبي يعود أساسا الى موقف المغرب الذي كان يقدم اعتراضات وكان يقبل فقط بالتعاون الأمني في مناسبات دون أخرى ويعارض بشدة المشاريع الاقتصادية والسياسية. وكان المغرب ينطلق أساسا من أن المدينتين مغربيتين وبالتالي لا يمكن للاتحاد الأوروبي إدماجهما مباشرة في أي مشروع. وكان موقف المغرب يجد بعض التأييد من دول مثل بريطانيا التي كانت تربط مطالب اسبانيا في صخرة جبل طارق بضرورة تصفية الاستعمار في سبتة ومليلية. وخلال السنوات الأخيرة، غاب تحفظ الاتحاد الأوروبي نهائيا بسبب عدم تقديم المغرب أي اعتراضات ضد إدماج المدينتين في المشاريع الأوروبية. ومع التركيبة الجديدة للمفوضية الأوروبية التي تولت تسيير الأمور منذ شهور قليلة، أدمج الاتحاد الأوروبي المدينتين ضمن المساحة الجغرافية العامة للاتحاد الأوروبي بينما كان في الماضي لا يفعل ذلك. في الوقت ذاته، فرض الاتحاد الأوروبي رسميا نظام شينغن في الحدود بين المغرب والاتحاد الأوروبي، وأصبح المفوضون الأوروبيون المكلفون بالشؤون الأمنية يزورون المدينتين، الأمر الذي كان مستحيلا ومن باب الخيال قبل سنة 2005. وتعتبر سبتة ومليلية من المناطق الأوروبية الأكثر استفادة الآن من التمويل الأوروبي خاصة على مستوى البنيات التحتية وكذلك على مستوى المشاريع الاقتصادية. وغابت المطالبة بسبتة ومليلية من أجندة الدولة المغربية، ولم تعد الأحزاب المغربية تقدم أسئلة في البرلمان حول المدينتين. وكان المغرب في الماضي خاصة في الثمانينات والتسعينات لا يتردد في المطالبة بسبتة ومليلية رغم مناورات اسبانيا في الصحراء. لكن هذه السياسة غابت الآن بشكل مثير، خاصة بعدما اشترطت حكومة مدريد على الرباط أن علاقات جيدة يعني تغييب ملف سبتة ومليلية.