بني فندق زلجو عام 1770 بأمر من السلطان العلوي سيدي محمد بن عبد الله و هو كما جاء في النقيشة الرخامية التشويرية فوق باب البناية وقف مخلد و حبس مؤيد يصرف مستفاده على مصالح المسجد الأعظم، كان دوره الوظيفي اقتصادي حيث جهز لاستقبال النزلاء من الرحل و البدو و المسافرين ببهائمهم و سلعهم و كل ما تحمله قوافلهم، كما عرف بمحلات و حوانيت تجارية و حرفية و خدماتية (حلاق، طراف..)، و قد حافظ الفندق على دوره الوظيفي إلى غاية العقود الأخيرة من القرن العشرين حيث تطورت الخدمة الفندقية و أصبح دوره ثانويا فأخذ منه الإهمال منصبا جعله في حالة سيئة. قامت وزارة الأوقاف و الشؤون الإسلامية التي ترعاه بوصفها المسؤولة عنه و الوصية عليه بتدخل شامل في المبنى عبر مشروع ترميم و تأهيل و إعادة إدماج تعرف اليوم لمساته النهائية.