كشف المجلس الأعلى للحسابات، سنة 2018، أن ضمن 180 مجزرة بلدية، واحدة فقط معتمدة من طرف المكتب الوطني للسلامة الصحية. وأوضح التقرير أن الأمر يتعلق بمجزرة بين جماعية بالحسيمة (تم اعتمادها سنة 2013) و3 مجازر خاصة معتمدة و702 مذبحة قروية منها 223 غير مراقبة. وعلى الرغم من ذلك، تقوم المصالح البيطرية التابعة للمكتب بترخيص لحوم هاته المجازر وكذا بعض المذابح القروية التي تم إحصاؤها (يقدر عدد المذابح القروية المراقبة ب 479 مذبحة من مجموع 702) مع أن هذه الوحدات لا تتوفر على الحد الأدنى من شروط النظافة والصحة. وسجل التقرير خطورة الوضع، عندما كشف عن تدهور مباني المجازر، وعدم ربط هذه المجازر بشبكات مياه الشرب والصرف الصحي والكهرباء، وغياب تجهيزات التبريد، وعدم وجود الحد الأدنى من شروط النظافة، وسوء تدبير أنشطة ذبح ونقل اللحوم. والأخطر من هذا يقول تقرير جطو، غياب معايير السلامة. وسجل المجلس الأعلى للحسابات غياب إطار قانوني في استخدام المواد المعدلة جينيا، وذلك بالرغم من استمرار الجدل على الصعيد الدولي حول المخاطر التي قد يمثلها استعمال هذه المواد على صحة المستهلك. ويعد استيراد المواد الغذائية المتضمنة لعناصر معدلة جينيا ممنوعا في المغرب بحكم القانون، لكن يتضح أنه يتعذر في الوقت الحالي على السلطات الصحية التحقق من تضمن المواد الغذائية المستوردة لعناصر معدلة جينيا إذا لم يكن ذلك مشارا إليه صراحة في عنونة المنتج، أما مختبرات المكتب فليس لها القدرة على اكتشاف وجود عناصر معدلة جينيا بالمواد الغذائية. وذكر التقرير أن منذ سنة 2001، حيث تقرر إحداث لجنة للسلامة البيولوجية للمواد سنة 2005 من طرف الوزير الأول، غير أنه وإلى حدود نهاية 2018 ،لم يتم تشكيل هذه اللجنة. كما سجل المجلس عدم وجود أي تأطير قانوني للمعالجة الجينية الهندسة الوراثية للمواد الغذائية بالمغرب.