Le Maroc avait affirmé disposer d'informations sur les «complicités» dont Brahim Ghali a bénéficié avant le départ de celui-ci vers l'Espagne et compte «dévoiler plus d'éléments en temps opportun». L'arrivée dans un état critique et dans la plus grande clandestinité de Brahim Ghali en Espagne le 18 avril dans un avion de la présidence algérienne a été autorisée principalement par la diplomatie espagnole selon le quotidien colombien El Heraldo. Cette affaire a déclenché une crise politique majeure entre Madrid et Rabat. C'est le général José Luis Ortiz Cañabate, chef de la base de Saragosse à l'époque et actuellement chef de la mobilité aérienne, qui a dévoilé cette information, laquelle fait partie des neuf interrogations du questionnaire formulé par le chef du tribunal d'instruction 7 de Saragosse, Rafael Lasala, à propos de l'arrivée de Brahim Ghali à la base aérienne de Saragosse (située à 16 kilomètres à l'ouest de la ville et à 262 km au nord-est de Madrid) et de son transfert à Logroño. Le chef du Front Polisario, visé par deux plaintes pour «tortures» et «génocide», a été entendu début juin par un juge espagnol qui n'a pris aucune mesure coercitive à son égard, le laissant libre de quitter l'Espagne où sa présence a provoqué une polémique à rebondissements. Selon la même source, l'avion de Brahim Ghali a été conduit «pour des raisons de sécurité» à la plate-forme militaire de Saragosse, «une pratique courante pour les avions d'Etat». Une fois les ordres du ministère des Affaires étrangères reçus par l'état-major de l'armée de l'air, le personnel de l'avion «n'a pas subi le contrôle des passeports à la frontière». Par téléphone, il a été signalé qu'«il y avait un passager malade», qu'il était «algérien», qu'il «est venu sur une civière» et qu'il était accompagné d'une autre personne. Une ambulance est arrivée à la base de Saragosse pour récupérer le patient, qui n'est d'autre que Brahim Ghali, mais il n'a pas été précisé si le véhicule «provenait du service de santé d'Aragon ou de La Rioja» rapporte la même source. «Le soir même, le patient a été transféré à l'hôpital San Pedro de Logroño, sans aucune procédure d'identification au préalable» a-t-on signifié. Le général Cañabate a déclaré qu'à la réception de l'ordonnance du 7e tribunal d'instruction de Saragosse, les questions ont été transmises à l'état-major général de l'armée de l'air, d'où ils a été précisé que les ordres transmis à la base aérienne de Saragosse, y compris de permettre à Brahim Ghali d'atterrir sans qu'il soit contrôlé, provenaient du cabinet de la ministre des Affaires étrangères, Arancha González Laya. Le chef du Polisario a voyagé «avec des documents falsifiés et une identité usurpée», a affirmé la diplomatie marocaine. «Une enquête que nous espérons transparente devrait être menée pour jeter toute la lumière sur cette affaire», a-t-on ajouté. La justice espagnole examine toujours le dossier contre M. Ghali pour «crimes contre l'humanité» après une plainte déposée par l'Association sahraouie pour la défense des droits de l'homme, l'accusant de «violations systématiques des droits humains» sur des dissidents des camps de Tindouf d'origine espagnole (ouest de l'Algérie).