اعتبر مصطفى بنحمزة، أن ما يستوجب اليوم الحديث عن مؤسسة العلماء، أنها «أصبحت الآن مستهدفة»، وقال بنحمزة «هنا لا أتحدث عن أشخاص وإنما عن مؤسسة، استهدفتها فرنسا حين أرسلت لهذه الأرض من يفسد تعليمها، وسعت إلى إفراغ الحياة من العلماء»، واليوم يضيف رئيس المجلس العلمي المحلي لوجدة، «حينما نرى مفهوم العالم مفهوما سائدا، يكفي أن تأتي صحيفة وتعطي صفة المشيخة لشخص كتب لها مقالا، هذا انتحال صفة، وهو ما يستوجب تقنين هذا الموضوع»، وذهب بنحمزة إلى أن «الجسم العلمي لابد أن يقف ليتحدث ويحمي مؤسسته العلمية»، مؤكدا أن «غياب مؤسسة العلماء هو تعريض المغرب لكل الأخطار وستأتي تيارات في تمثل ديني، ولن يستطيع أحد أن يعرفها». وأشار بنحمزة في ندوة علمية وطنية اختتمت يوم الأحد 29 أبريل 2012 بفاس، نظمها المجلس العلمي المحلي بفاس، حول «رسالة العلماء في الإسلام»، احتفاءا بمرور 100 سنة على تأسيس أول مجلس علمي بفاس، إلى أن مجالس العلماء في المغرب أسبق من المجامع الفقهية في العالم الإسلامي كله». وعبر بنحمزة عن أمله في أن تبادر الدولة لاعتماد طابع بريدي يؤرخ لمؤسسة مجلس العلماء. من جهة أخرى، شدد محمد يسف، الأمين العام للمجلس العلمي الأعلى، على أن «قضية العلوم الشرعية مثلت دائما أمن هذه الأمة ووحدتها وتماسكها واستقرارها»، ولفت الانتباه إلى أن «بعض العلوم انتهى أمرها إلا أن يتجدد العزم والصدق بالتوجه إلى إحياءها». وفي سياق متصل، اعتبر الدكتور محمد الروكي، رئيس جامعة القرويين، أن الأمة اليوم «في أمس الحاجة لأن تبوأ مؤسسة العلماء المرتبة التي تليق بها، ليؤدي العلماء الرسالة المنوطة بهم ويسترجعوا ريادتهم»، وأكد الروكي في مداخلة له أن «الندوة جاءت في وقتها المناسب وزمانها اللائق، زمان البعد عن مقومات الذات ومقومات الهوية الحضارية