ندّد الشيخ تيسير التميمي (قاضي قضاة فلسطين) باقتحام مؤسسة الأقصى ومصادرة وثائقها، وقال: إن إسرائيل تهدف إلى تدمير كل ما هو فلسطيني باقتحام المؤسسات والجمعيات، موضحًا أن كل ما يتعلق بالقدس والمسجد الأقصى أصبح على سُلّم أولويات استهداف سلطات الاحتلال. واعتبر استهداف جمعيات تقدّم العون للفقراء وتُعْنَى بالمقدسات كمؤسسة الأقصى سياسة ممنهجة من الاحتلال ضد المؤسسات الإسلامية بحجة مكافحة الإرهاب، ضمن مؤامرة على المسجد الأقصى. وقال: إن إسرائيل قامت بإغلاق كل المؤسسات الفلسطينية بالقدس، والآن كل عمل إسلامي أو فلسطيني يهتم بالقدس ستعمل إسرائيل على تعطيله، ومؤسسة الأقصى تنظم رحلات لفلسطينيي 48 لإعمار المسجد بالمسلمين والصلاة فيه، لهذا يريدون أن يوقفوا هذا العمل الذي يُعزّز الصمود الفلسطيني بالمدينة المقدسة. وأكّد التميمي أنهم سيلجأون إلى جهات دولية مُخْتَصّة كمنظمة المؤتمر الإسلامي وجامعة الدول العربية، ثم اليونسكو رغم أن هذه المؤسسة أصبحت غير حيادية عندما انحازت لإسرائيل حينما سمحت لسلطات الاحتلال بإقامة كنيس بباب المغاربة تجهيزًا لهيمنة إسرائيل على المسجد الأقصى. من جهة أخرى أكّد الشيخ كمال الخطيب (نائب رئيس الحركة الإسلامية بالداخل الفلسطيني المحتلّ في 1948) أن استهدف مؤسسة الأقصى يأتي بعد أن كشفت في مؤتمر عقدته الأسبوع الماضي بالقدس ممارسات إسرائيلية هدفها إقامة كنس على طول الحائط الغربي حائط البراق للمسجد الأقصى، وكشفت عن أنفاق وحفريات تقوم بها إسرائيل. وقال لموقع قناة الجزيرة: إن مؤسسة الأقصى هي ذراع للحركة الإسلامية بالداخل الفلسطيني وهي ليست محصورة بمؤسسة الأقصى، وبالتالي نحن مستمرون بعملنا وبأداء دورنا ولن نتوقف وهذا سيزيدنا إصرارًا على المضي بأداء رسالتنا في خدمة المسجد الأقصى والقدس الشريف، وفضح الممارسات الإسرائيلية عليها. وأضاف: تستعد المؤسسة الآن بكل طاقاتها ورغم إغلاقها لاستقبال شهر رمضان، وتقديم فعالياتها المختلفة للمصلين بهذا الشهر، وسنقوم بتسيير الحافلات إلى الأقصى لحشد المسلمين فيه، ونقدم كل الخدمات اللازمة، ولن نرفع الرايات البيضاء استسلامًا للاحتلال. ورفض الشيخ الخطيب ما ادعته سلطات الاحتلال من أن مؤسسة الأقصى غير قانونية، ولم يستبعد الخطيب اعتماد إسرائيل نفس الآلية مع مؤسسات تابعة للحركة ولغيرها، وتحدث عن دراسة قانونية يعدّها طاقم محامين لتحديد آلية التعامل مع الملف مستقبلاً، وقال: إنهم سيلجئون للقضاء الإسرائيلي وإن لم ينصفهم كعادته.