واصل الكيان الصهيوني حملة الابتزاز للسلطة الفلسطينية، مع التصعيد العسكري في قطاع غزة والضفة الغربية، واتهم السلطة بعدم محاربة الفصائل الفلسطينية التي تشن عمليات ضد أهداف صهيونية. في حين بدأت السلطة بحملةٍ ضد حركة الجهاد الإسلامي، لا يعرف إذا كانت ستتوسع وتشمل باقي الفصائل المسلحة. وقال شاؤول موفاز، وزير الحرب الصهيوني، إن محمود عباس (أبو مازن)، رئيس السلطة الفلسطينية، شخصٌ عاجز ولا يمتلك سلطة حقيقية ولا يتحرك ضد ما أسماه الإرهاب. وحث موفاز، في حديثٍ لصحيفة يديعوت أحرنوت نُشِر يوم الجمعة الأخير، السلطة ورئيسها على ضرب الفصائل المسلحة، قائلا إن حكومة (إسرائيل) سوف تستمر في حربها ضد حركة الجهاد وباقي الفصائل التي تسعى لنقل ثقلها من قطاع غزة والضفة الغربية. معتبرا إنتاج صواريخ محلية الصنع في الضفة خطا أحمر لن تسكت عليه حكومة (إسرائيل) أبدا، على حد تعبيره. وهاجم سلفان شالوم، وزير خارجية العدو، أبو مازن قائلا إنه لا يريد أنْ يفي بالتزاماته التي قطعها أمام إسرائيل بمحاربة منظمات الإرهاب، وقال إن أبو مازن يسمح لحركة حماس بالمشاركة في الانتخابات التشريعية. مشيرا إلى أن ذلك مناقضٌ لاتفاق أوسلو الذي انتهت صلاحيته منذ انتفاضة الأقصى. وردت السلطة الفلسطينية مشيرة إلى أنها كانت خلال الأشهر الأخيرة أحبطت نحو 40 اعتداء كان يستهدف صهاينة، وأنها لم تكنْ تعلم بنية حركة الجهاد الإسلامي تنفيذ عملية الخضيرة الاستشهادية الأخيرة، ولو كان لديها علم بذلك لأعلمت الأجهزة الأمنية الصهيونية بها. واتخذت السلطة خطوة عملية قبل ثلاثة أيام بتنفيذ حملة اعتقالات شملت نشطاء من حركة الجهاد الإسلامي، وسط تحذيرات من باقي الفصائل من مغبة الإقدام على هذه الخطوة. ورغم أنه من المبكر معرفة إذا كانت خطوة السلطة بتنفيذ حملة الاعتقالات، ستتوسع وتفتح ما يسمى بملف الاعتقال السياسي، إلا أنها تذكر بمحطات طويلة من حملات للسلطة ضد فصائل المقاومة. وبدأت المواجهة يوم 18 نونبر 1994, فيما عُرِف بمذبحة مسجد فلسطين في غزة، حيث استشهد 13 فلسطينيا وجرح 250, برصاص الشرطة الفلسطينية. وبدلا من الاعتراف بالمسؤولية عن المجزرة، اتهم الطيب عبد الرحيم، مستشار رئيس السلطة الفلسطينية الراحل ياسر عرفات، أطرافا خارجية بالوقوف وراء تلك الأحداث، ملمحا إلى إيران، وتم خلال نفس الفترة مداهمة مكاتب لحركتي حماس والجهاد الإسلامي، والمساجد في قطاع غزة والضفة الغربية. وشنت السلطة حملات اعتقال، تُوجت بحملة واسعة عام 1996, شملت أبرز قادة حركتي حماس والجهاد وفصائل أخرى مثل الجبهة الشعبية القيادة العامة. وكانت الحملة بناء على ضغوطٍ صهيونية مارسها رئيس الوزراء الصهيوني آنذاك بنيامين نتنياهو على عرفات، وربط أية علاقة أو لقاء مع عرفات بمدى تنفيذ الأخير حملة قمع لعناصر حماس والجهاد. ومن بين الذين شملتهم حملة الاعتقالات، التي تركت أثرا سيئا على العلاقة بين السلطة وفصائل المعارضة رموز مثل الدكتور عبد العزيز الرنتيسي، وبسام السعدي، وجاسر سمارو. واستمرت حملات الاعتقال، وبلغت ذروة جديدة لها عام 1998, باعتقال مزيدٍ من كوادر حماس والجهاد العسكريين والسياسيين مثل: رأفت ناصيف، وسيد عبد الكريم الشيخ قاسم، وشادي الكحلوت، وصالح التلاحمة، وطارق أبو وردة، وعبد الله قواسمة، وإبراهيم بني عودة، وعماد وعادل عوض الله، ومهند الطاهر، ونافذ عزام، ويوسف السكرجي وعشرات آخرين. وتوفي في سجون السلطة عدد منهم تحت التعذيب مثل: عماد البزرة، ومحمد شربتج، ومحمود محمد خليل وغيرهم. وبقي المعتقلون في السجون حتى اندلاع انتفاضة الأقصى في خريف عام 2000, وبسبب عدم تمكن السلطة على حماية سجنها تم إخراج كثيرٍ من المعتقلين خلال السنوات الثلاث الأولى من الانتفاضة، واغتالت حكومة الكيان الصهيوني العديد ممن كانوا معتقلين لدى السلطة مثل عبد الله القواسمي، وإبراهيم بني عودة ويوسف السكرجي، وصالح تلاحمة، ومهند الطاهر وغيرهم. وخلال انتفاضة الأقصى فرضت السلطة الإقامة الجبرية على الشيخ الشهيد أحمد ياسين، ولكنه رفض الامتثال لذلك، وحاولت اعتقال الدكتور عبد العزيز الرنتيسي، ولكن مرافقيه وأهالي الحي الذي يسكن فيه تصدوا لرجال الأمن الذين حضروا لاعتقاله. وترفض حركة حماس بشكلٍ قاطع أي اعتقالٍ لأي عنصر منها، وقال سامي أبو زهري، الناطق بلسان الحركة، إنه لن يتم السماح بالعودة لفترة الاعتقالات تلك، مهما كان الثمن. ووجه بنيامين نتنياهو، منافس شارون على زعامة حزب الليكود، انتقاداتٍ لشارون لأنه لا يتعامل مع أبي مازن مثلما كان نتنياهو يتعامل مع عرفات قائلا: «أجبرت عرفات على اعتقال نشطاء حماس والجهاد، وضغطت عليه ولم أمكنه من أي شيء قبل تنفيذ ذلك، وعلى شارون أنْ يفعل مع عباس ما فعلته مع عرفات».