يتباهى محمد شحرور بأن التقسيمات التي وضعها للقرآن (الكتاب أو التنزيل الحكيم كما يسميه) هي تقسيمات علمية دقيقة لم يسبقه إليها أحد، لذلك، فإن مشكلة المسلمين والتحجر الذي أصابهم طوال القرون الماضية عائد إلى عجزهم عن اكتشاف تلك التقسيمات! وهو في كل مرة يعيد ويكرر في جميع كتبه أن منهجه منهج علمي، إلى درجة يبدو معها ذلك التكرار وكأنه يعكس شك المؤلف في منهجه، ويريد أن يقنع نفسه أولا قبل أن يقنع القارئ البسيط. ورغم تلك المحاولات المتكررة للتذكير بالمنهج، فإنه يقع في تناقضات، ويستعمل أساليب غامضة تحير القارئ، حيث يعتقد أن ذلك الغموض ليس دليلا على تخبط المؤلف، بل دليل على عبقريته، مثل قوله في كتابه «أم الكتاب وتفصيلها»: «كما تمكنا من تفصيل الكتاب تفصيلا منهجيا مرتبا من حيث المواضيع ومن حيث ترتيب الآيات في الموضوع نفسه، فاتضح لنا بناء على ذلك التخطيط المنهجي لمختلف المواضيع التي يتضمنها الكتاب (المصحف)، وهي عبارة عن مجموعة كتب تندرج تحت كتاب واحد هو الكتاب، أي التنزيل الحكيم، اختلاف موضوع كل كتاب منها، فكان أن جاء تفصيل الكتاب من جذر واحد انقسم إلى فرعين، ثم تفرعت من كل واحد منهما فروع أخرى، ما يبين لنا أن منهجنا مكننا من تشريح الكتاب كما نشرح جسم الإنسان» (ص 177). ونحن لا نفهم ماذا يعني بالجذر الواحد وبالفرعين وبالفروع الأخرى، لكننا، على كل حال، نفهم على الأقل أن التقسيمات التي قام بها للكتاب هي بمثابة تشريح للقرآن مثلما يشرَح جسم الإنسان، وهذا للدلالة على الدقة وعلى أن القرآن قطع غيار! وقد جعل شحرور «أم الكتاب» مصطلحا قائما بنفسه للدلالة به على الآيات المحكمات في الكتاب، مقابل الآيات المتشابهات، التي يسميها «القرآن»، حيث رأى أن الآية من سورة آل عمران: «هو الذي أنزل عليك الكتاب منه آيات محكمات هن أم الكتاب وأخر متشابهات» تعني أن هناك كتابين، كتاب المحكم وكتاب المتشابه، بل إنه لا يكتفي بهذا التقسيم الغريب، إنما ينتقد المفسرين لأنهم جعلوا الكتاب هو المحكم والمتشابه في الوقت نفسه، أي أنهم لم يقسموه إلى كتابين، يقول شحرور بكثير من الاعتزاز برأيه: «وإني لأعجب كيف كان الكتاب عند المفسرين هو المحكم والمتشابه في سورة آل عمران» (ص 163). لقد جعل شحرور أم الكتاب هي كتاب الألوهية، والقرآن هو كتاب الربوبية، وفي الوقت نفسه جعل أم الكتاب هو الرسالة، والقرآن هو النبوة (الكتاب والقرآن ص 127)، لكنه يعود فينقلب على نفسه مرة ثانية -كما يصنع عادة- فيجعل النبوة هي القرآن والسبع المثاني وتفصيل الكتاب، لكن بطريقة غاية في الارتباك، إذ يقول: «إن أم الكتاب هي الكتاب المحكم، وهي رسالة محمد صلى الله عليه وسلم، وإن القرآن والسبع المثاني هما المتشابه وهو نبوة محمد صلى الله عليه وسلم مع تفصيل الكتاب» (ص 191)، فإذن صارت أم الكتاب هي «الكتاب المحكم» لا الآيات المتشابهات، وهي في الوقت نفسه رسالة محمد عليه الصلاة والسلام، أما المتشابه (لا نعرف هل المقصود كتاب متشابه مثل الكتاب المحكم أم الآيات المتشابهات؟) فهو القرآن والسبع المثاني، وهما نبوة محمد مع تفصيل الكتاب، ولا نفهم هل يعني أن القرآن والسبع المثاني هما نبوة محمد وتفصيل الكتاب، أم إن القرآن والسبع المثاني وتفصيل الكتاب هي نبوة محمد! وما يزيد الأمر غرابة أنه يميز بين القرآن وأم الكتاب بطريقة عجيبة، حيث يقول: «أما الشريعة والأخلاق والعبادات والقانون والسياسة والتربية فليست لها علاقة بالقرآن، لا من قريب ولا من بعيد»، فهذه الأمور كلها عنده تندرج في أم الكتاب، فيما تندرج في القرآن «الساعة والبعث واليوم الآخر والجنة والنار» (الكتاب والقرآن ص 103). ورغم هذا التعريف الذي وضعه لأم الكتاب، فإنه لا يلتزم به، فيفسر أم الكتاب في الآية: «يمحو الله ما يشاء ويثبت وعنده أم الكتاب» بأنها تعني عملية النسخ بين الرسالات الإلهية الثلاث، حيث نُسخت رسالة موسى وعيسى برسالة محمد عليهم الصلاة والسلام (أم الكتاب وتفصيلها. ص 183). وعلى ما في هذا الكلام من تناقض كبير مع آراء شحرور حول عملية النسخ في القرآن من جهة، وحول نسخ اليهودية والمسيحية بالإسلام لأنه لا يعترف بذلك من جهة ثانية، إلا أن التفسير الذي وضعه للآية يخالف ما توصل إليه حول «أم الكتاب»، لأن المقصود بها هنا علم الله الأزلي أو اللوح المحفوظ، حسب أقوال جميع المفسرين، وليس المقصود بها النسخ، وكان على شحرور أن يلاحظ عبارة «وعنده أم الكتاب»، إذ هنا الإشارة إلى أم الكتاب التي هي عند الله سبحانه، فيما يعني شحرور بأم الكتاب تلك الموجودة في الكتاب، والتي تقابل القرآن. بيد أن أم الكتاب في قوله تعالى: «هو الذي أنزل عليك الكتاب منه آيات محكمات هن أم الكتاب وأخر متشابهات» تعني الآيات المحكمة التي ترد إليها الآيات المتشابهات، بحيث تكون بمثابة المعايير أو المقاييس للمتشابه لكي لا يذهب التأويل إلى ما هو أبعد، فكأن «أم الكتاب» تعني الثابت في القرآن الذي لا يعتريه التغيير. وهذا هو رأي غالبية المفسرين، ومنهم العلامة محمد الطاهر بن عاشور الذي يرى أن «أم الكتاب» في قوله تعالى: «يمحو الله ما يشاء ويثبت وعنده أم الكتاب» قد تعني علم الله تعالى بالآجال، وأن «عنده علم الكتاب» معناه الذي لا يتغير منه شيء.