أكدت منظمة الصحة العالمية وكذلك منظمة الزراعة والأغذية في رد على استفسارات الكثير من الدول الأعضاء فيها والمنظمات الأخرى أن الأغذية المعدلة وراثيا تحتوي على مورثات مختلفة وغريبة تم إدخالها بطرق عدة على أصناف عديدة من الأغذية، وهذا الأمر يعني بأن سلامة الأغذية المعدلة وراثيا يجب أن تقيم كل حالة على حدة، عن طريق المزيد من الأبحاث والدراسات الخاصة بكل نوع يتم إنتاجه، وبالتالي فليس من الممكن إعطاء تصريحات عامة عن أمان وسلامة جميع أصناف الأغذية المعدلة وراثيا، كما أكدت المنظمة على ضرورة أن يكون هناك تقييم مستمر مبني على مبادئ اللجنة الخاصة بالأغذية المعدلة وراثيا وضرورة مراقبتها للمنتج بعد طرحه في الأسواق كأساس يتم الاعتماد عليه من أجل تقييم سلامة الأغذية المعدلة وراثيا. في المقابل ترى منظمة الغذاء والدواء الأمريكية أنه لا يوجد دليل علمي يثبت أن الأغذية المعدلة وراثيا تشكل ضررا على الصحة، بل ترى المنظمة أن هذه الأغذية مفيدة في زيادة الإنتاج وفي رفع القيمة الغذائية للمحاصيل الزراعية، فالعلم لم يستطع ربط الأغذية المعدلة وراثيا بأي مخاطر صحية، إلا أن ظهور بعضها دفع جمعيات حماية المستهلك في العالم والناشطين في مجال البيئة إلى المطالبة بفرض قوانين أكثر صرامة على إنتاج وتسويق هذه المنتوجات الجديدة، خصوصا مع زيادة ظهور أعراض مرضية جديدة وتحسسات غذائية، كمرض جنون البقر الوبائي الذي بسببه دعت جمعية الطب البريطانية إلى اتخاذ قرار رسمي بتعليق نشاطات إنتاج محاصيل وتطوير أغذية معدَّلة وراثياً وبشكل تجاري إلى حين إجراء دراسات وأبحاث وافية ومكثفة عليها وعلى أثرها على الصحة والبيئة. نفس الأمر دعت إليه منظمة الاتحاد الوطني البريطاني للأحياء البرية واتحاد المستهلكين ومؤسسات أخرى ذات اهتمام بالموضوع. إضافة إلى أن العلماء يحذرون من زيادة العواقب المتعلقة بأمراض مختلفة، كأمراض الحساسية وأمراض نقص المناعة والسرطان وغيرها من الأمراض والعلل التي قد يسببها ونتيجة لذلك بدأت بعض الدول بإلزام الشركات بأن تضع ملصقات واضحة على الغذاء المعدل وراثيا على أن الملصقات يجب أن توضع على كل غذاء يحتوي على واحد بالمائة أو أكثر من الكائنات المعدلة وراثيا. وأيضا خفضت الشركات إنتاجها من البذور المعدلة وراثيا خوفا من مقاطعتها وازدياد عداء المستهلكين لها، رغم أن العالم لم يقل كلمته الحاسمة عن أخطار الكائنات المعدلة وراثيا وعن مدى تأثيرها على صحة الإنسان وعلى الكائنات الحية بشكل عام. فالأمر يحتاج إلى سنوات عديدة لمراقبة تأثير هذه الكائنات الحية الجديدة على الكائنات الحية الطبيعية المألوفة على الأرض لأن مثل هذا العبث في الجينات، حيث يتم وضع جين معين في وسط غير وسطه الأصيل أكيد أنه سيسبب تفاعلات وآثارا جانبية قد لا تظهر إلا بعد عقود من الزمان.