اعتبر حزب المؤتمر الوطني الإفريقي الحاكم في جنوب إفريقيا، عودة المغرب للاتحاد الافريقي بمثابة "انتكاسة كبيرة" لما أسماه ب"كفاح الشعب الصحراوي من أجل الحرية والاستقلال". وأبدى حزب مانديلا، في بيان منشور على موقعه الرسمي، أسفه "على موافقة 39 دولة إفريقية من أصل 54، في القمة 28 التي احتضنتها العاصمة الإثيوبيبة أديس أبابا، لعودة المغرب إلى الاتحاد الإفريقي"، مشيرا إلى "متانة العلاقات الأخوية التي تربطه بجبهة البوليساريو. وقال بيان حزب المؤتمر الوطني الإفريقي إن "قرار دخول المغرب للمنظمة القارية يمهد الطريق للمملكة المغربية لتأخذ مكانها بين دول الاتحاد والتمتع بفوائد البلدان الأعضاء في الاتحاد الإفريقي بينما تستمر معاناة الشعب تحت الاحتلال الظالم". وتابع البيان، أن "قبول الاتحاد الإفريقي لعضوية المغرب هو تأييد ضمني للاحتلال طويل الأمد للصحراء الغربية. في الوقت الذي يتهرب فيه المغرب من الامتثال لقرارات الأممالمتحدة المتعاقبة بشأن مسألة الصحراء الغربية، والأهم من ذلك لإجراء استفتاء على تقرير المصير". ونوه الحزب الحاكم بجنوب إفريقيا، ب"مواقف بعض البلدان الإفريقية المساندة للشعب الصحراوي والتي اعترضت على عودة المغرب لمنظمة الاتحاد الإفريقي"، مضيفا أنه "يحترم القرار الذي اتخذه الاتحاد الإفريقي ويأمل أن يساهم الاتحاد في دعم كفاح الشعب الصحراوي من أجل الاستقلال".