تسربت تفاصيل مثيرة في التحقيقات مع الدكتور محمد بديع المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين، حيث اكدت مصادر خاصة لوكالة اخبار ليل ونهار انه عقب وصول أعضاء النيابة العامة لغرفة التحقيق انتظارا لقيام حرس السجن بإحضار الدكتور محمد بديع من محبسه الانفرادي، وبمجرد دخول أفراد الحرس إلى الزنزانة وإخبار المرشد بطلبه للتحقيق، أصيب المرشد بحالة من الانفعال والغضب الشديد، ورفض الخروج تماما، وتحدث بصوت عالٍ إلى أفراد الحرس، قائلا لهم «لقد قتلتم ابني وحرقتم منزلي والآن أنا رهن الاعتقال بين أيديكم، فلن أخرج من مكاني، ولا أعترف بشرعية هذا الانقلاب العسكري». ومع استمرار اصرار المرشد رفضه الخروج إلى المحققين لاستكمال التحقيق، قام أعضاء النيابة بالذهاب إلى محبسه في محاولة منهم لإخراجه إلى غرفة التحقيق، وأن يقول في التحقيق ما يريد، وسيتم تسجيله، فرفض ايضا بشدة، مؤكدا أنه لا يعترف بالنيابة العامة ولا النائب العام، مما دفع المحققين لاستكمال التحقيق معه في الزنزانة الانفرادي التي تم إيداعه فيها، حيث جاءت معظم إجاباته مقتضبه ومختصرة، نتيجة لحالة الإرهاق الشديد والغضب التي كان عليها. هذا ويواجه المرشد عدة تهم، منها التحريض على قتل المتظاهرين في أحداث مكتب الإرشاد بالمقطم خلال انقلاب 30 يونيو.