رفضت وزارة التربية الوطنية والتعليم العالي منح شهادة البكالوريا لتلاميذ المدرسة العراقية،واكتفت بمنحهم بيان النقط فقط وهو الذي لم ينفعهم في ولوج المؤسسات ولمعاهد والجامعات المغربية التي تشترط نسخة شهادة البكالوريا. وتبعا لذلك رفضت مجموعة من المدارس والمعاهد العليا قبول تلاميذ المدرسة العراقية حيث حرموا هؤلاء التلاميذ من ولوج مجموعة من المؤسسات والمعاهد العليا التي تشترط شهادة البكالوريا من أجل ولوجها. وكان تلاميذ المدرسة العراقية قبل إغلاقها يحصلون على بكالوريا عراقية ولها معادلة مغربية،ويجتاز التلاميذ امتحان يضم مقررات عراقية وفق وقت ونظام يختلف على البكالوريا الرسمية بالمغرب وتمكنهم هذه الشهادة من ولوج مختلف المعاهد والمؤسسات المغربية مثل باقي التلاميذ الحاصلين على البكالوريا الرسمية لكن هذه السنة وبالرغم من نقل تلاميذ المدرسة العراقية بعد إغلاقها إلى إحدى المدارس وامتحانهم في نفس الدروس والمناهج التي درسوها طيلة السنة إلا أنهم لم تمنح لهم شهادة البكالوريا . يذكر أن وزارة التربية الوطنية والتعليم العالي وتكوين الأطر والبحث العلمي كانت قد أغلقت المدرسة العراقية التكميلية " بالرباط بعد الوقوف على مخالفة مناهجها لمقتضيات النظام الأساسي للتعليم المدرسي الخصوصي حيث أوفدت لجنة بيداغوجية للتأكد من مطابقة المناهج التربوية المعمول بها في هذه المدرسة مع تلك المطبقة في المؤسسات التربوية الوطنية وخلصت، إلى أن مناهجها مخالفة لمقتضيات القانون 00-06 بمثابة النظام الأساسي للتعليم المدرسي الخصوصي بالمغرب. وجاء إيفاد هذه اللجنة عقب تقدم مواطن عراقي بشكاية إلى المصالح الأمنية المغربية ضد مديرة هذه المدرسة بتهمة طرد ثلاثة من أبنائه لأسباب طائفية،واستغلال المدرسة لنشر مذهب ديني معين. على إثر ذلك قامت وزارة الشؤون الخارجية والتعاون، باستدعاء القائم بالأعمال بالسفارة العراقية بالرباط ومديرة المدرسة، بحضور ممثلين عن وزارة التربية الوطنية والتعليم العالي وتكوين الأطر والبحث العلمي، حيث أثيرت خلال هذا اللقاء مسألة السند القانوني لفتح هذه المدرسة وممارستها لنشاطها الذي "لايستند إلى أي اتفاق ثنائي بين الدولتين الشقيقتين".