تَمتلك الكرة الوطنية رصيدا هامّا من الألقاب الإفريقية على مستوى الأندية، إذ حقّقت ثلاثة فرق مغربية لقب دوري أبطال إفريقيا، وهي الرجاء البيضاوي، الفريق الأكثر تتويجا بهذه البطولة، إلى جانب الجيش الملكي والوداد الرياضي. وبالعودة إلى المباريات النهائية، فالفرق المغربية حضرت في سبعة نهائيات، حقّقت منها خمسة ألقاب قوّت بها اسمها في تاريخ الكرة الإفريقية، لتدخل ضمن خانة الأندية القارية الأكثر قوّة في القارة السمراء. الجيش الملكي أوّل فريق مغربي يصل النهائي ويتوّج به في الحقبة الزاهية للكرة المغربية، ظهر فريق الجيش الملكي الذي ضَمَّ إلى صفوفه ثلة من النجوم المغاربة بقيادة محمد التيمومي وجيل موهوب من اللاعبين، إذ بلغ نهائي كأس إفريقيا للأندية البطلة سنة 1985، وواجه فريق "دراغون" من جمهورية الكونغو (الزايير سابقا)، وانتصر عليه ذهابا في الرباط بخمسة أهداف مقابل هدفين، في حين تعادل الطرفان بنتيجة هدف لمثله في "لوبومباشي"، ليحقّق الجيش هذه البطولة ويكون أول فريق مغربي يبلغ النهائي ويتوّج به. الرجاء ينتفض إفريقيا ويحقّق ثلاثة ألقاب في دوري الأبطال سجّل الرجاء البيضاوي رقما قياسيا في عدد الألقاب الإفريقية التي توّج بها، إذ يعود أوّل لقب إلى سنة 1989، عندما واجه الفريق المغربي نظيره الجزائري مولودية وهران، بعد التعادل في نتيجتي الذهاب والإياب، بانتصار كل فريق في ميدانه بهدف نظيف، لكن الرجاء حاز على اللقب بضربات الجزاء التي توّجته بطلا للمسابقة لأوّل مرّة. سنة 1997، عاد الفريق "الأخضر" إلى البوديوم الإفريقي من جديد، بعدما خطف اللقب بنفس الطريقة، أي بضربات الترجيح، من فريق "أشانتي غولد" الغاني، ليتوّج بثاني ألقابه القارية في ملعبه وأمام جماهيره. ضربات الجزاء عادت من جديد في سنة 1999 لترجّح كفّة الرجاء، وهذه المرّة من قلب تونس وأمام الترجي المحلي الذي وقف ندا للند مع ممثّل الكرة المغربية، إذ تعادل الفريقان ذهابا وإيابا، قبل أن ينصف الحارس مصطفى الشاذلي رفاقه ويهديهم تأهّلا ثمينا إلى كأس العالم للأندية في البرازيل في السنة التي تلتها. الوداد يحقّق لقبه الوحيد سنة 1992 بحضور الملك بحضور الملك محمد السادس في مباراة الذهاب، حقّق الوداد الرياضي أوّل وآخر لقب له في عصبة الأبطال الإفريقية، حيث واجه في المباراة النهائية الهلال السوداني، وحسمها في الدارالبيضاء بهدفين نظيفين حملا توقيع رشيد الداودي من ضربة جزاء، والمهاجم يوسف فرتوت، قبل أن يعود إلى أرض الوطن محمّلا بالكأس الفضية بتعادله سلبا من قلب أم درمان السودانية.