Dans son dernier rapport, Kofi Annan demande au Conseil de Sécurité de l'ONU d'imposer le nouveau plan Baker sans prendre en considération les observations des parties. La lecture des propositions de l'envoyé onusien montre qu'elles sont contraires aux intérêts marocains. Décidément, le plan Baker I et le plan Baker II n'ont en commun que le nom du représentant personnel du secrétaire général des Nations unies. En effet, le nouveau plan présenté par James Baker aux parties et que le secrétaire général de l'ONU, Kofi Annan, a explicité dans son rapport au Conseil de sécurité, a tous les ingrédients de l'échec puisqu'il ne jouit ni de l'accord des parties, ni des conditions à même de rendre possible son application. Estimant que "le plan de paix constitue une formule juste et équilibrée qui donne partiellement, sinon entièrement, satisfaction à chacune des parties", Annan a tenu à appeler le Conseil de sécurité à imposer cette solution aux parties concernées sans prendre en considération les remarques et les observations formulées par elles. "Je suis, à regret, parvenu à la conclusion que tant que les parties ne se montreront pas disposées à assumer leurs propres responsabilités et à faire les compromis permettant de trouver une solution au conflit, toute nouvelle initiative visant à régler le problème du Sahara occidental connaîtra le même sort que les précédentes. J'engage donc le Conseil de sécurité à saisir l'occasion qui lui est donnée de s'attaquer de manière efficace au problème de longue date du Sahara occidental en demandant aux parties d'accepter le plan de paix tel que modifié et d'œuvrer avec l'Organisation des Nations Unies à sa mise en œuvre", écrit-il dans le paragraphe 59 de son rapport. Cette partrie du rapport du responsable onusien traduit plus une volonté de se débarrasser de ce conflit que de lui trouver une solution juste et équitable. Ainsi, la solution dite politique, qui était prévue dans le projet d'accord-cadre, est transformée en un retour au "référendum d'autodétermination" sous un autre aspect. D'ailleurs, la partie marocaine l'a clairement exprimé dans sa réponse officielle au nouveau plan Baker. Rappelant ainsi que dans sa résolution 1309 du 26 juillet 2000, le Conseil de sécurité avait demandé aux parties "d'essayer de se mettre d'accord sur une solution politique mutuellement acceptable de leur différend au sujet du Sahara occidental". Ce qui signifie que toute voie de solution politique doit être assujettie à l'acceptation préalable des parties. Le Maroc a d'ailleurs insisté sur le fait que, même dans le cadre de la nouvelle proposition, l'accord du gouvernement n'est pas suffisant et qu'une ratification par un référendum national est nécessaire avant l'éventuelle entrée en vigueur de ses dispositions. En effet, l'article 31 de la Constitution stipule que "les traités susceptibles de remettre en cause les dispositions de la Constitution sont approuvés selon les procédures prévues pour sa révision". Il est à signaler aussi que le nouveau plan Baker a tenté de concilier deux voies de solution entièrement antagonistes à savoir le "référendum d'autodétermination" et "l'autonomie élargie". Or, la première s'était avérée, après plusieurs années, comme une solution impossible à réaliser et avait conduit l'ONU vers l'impasse, alors que la seconde était l'unique solution susceptible d'être appliquée. Cependant, le danger que revêt cette approche de conciliation entre les deux, réside dans le fait qu'elle marque un retour camouflé vers "l'autodétermination" tout en permettant aux ennemis de l'intégrité territoriale marocaine de s'installer pendant quatre années dans les provinces du sud et d'y mener une campagne sécessionniste en toute liberté. "On peut se demander quel est l'intérêt de mettre en place toute une solution politique complexe pendant quelques années pour qu'au bout du chemin (très rapproché, de 4 à 5 ans), on se retrouve dans le cas de figure du Plan de règlement qui a mené à l'impasse. Les dangers de ce schéma sont évidents. En effet, la solution politique a pour objectif de rapprocher et de concilier, au moment où la perspective d'une confrontation, dans un délai rapproché, autour de deux choix complètement opposés, risque de compromettre, dès le départ, la mise en place de l'autorité locale préconisée", lit-on dans la réponse du gouvernement marocain. Le rapport du secrétaire général de l'ONU mentionne aussi que le référendum qui serait organisé au bout des cinq années soumettrait au vote trois options à savoir l'indépendance, l'intégration au Maroc et l'autonomie. Or, si le choix des électeurs est porté sur cette dernière option, Annan prévoit que seuls les "habitants authentiques du Sahara" seront "habilités à participer à l'élection future des organes exécutifs et législatifs de l'Autorité du Sahara occidental". Or, c'est l'impossibilité de se mettre d'accord sur les critères de définition d'un "sahraoui authentique" qui avait rendu impossible l'application du processus référendaire. Enfin, il est à signaler que les dernières propositions telles qu'élaborées par Baker et exposées par Kofi Annan ne servent aucunement les intérêts du Maroc. Car, le nouveau plan se réduit à un retour à l'autodétermination avec un retrait des forces et de l'administration marocaine en faveur des polisariens.