منعطف آخر من المنتظر أن يؤثر على العلاقات الإسبانية المغربية ، حيث وافق قاض إسباني على ملاحقة 11 مسئولا مغربياً بتهمة ارتكاب إبادة في الصحراء المغربية، في سابقة قضائية حول النزاع المسلح الذي تسبب بمقتل الآلاف من الصحراويين. وأعلنت مدريد أن القاضي بابلو روز رفع تهم ضد 11 مسئولا وضابطا سابقا في القوات العسكرية المغربية ومن حكام الإقليم بتهم التطهير العرقي، والقتل والاحتجاز والتعذيب للصحراويين على أساس عرقي وعنصري، في المستعمرة الإسبانية السابقة بين الأعوام 1975 و 1990. وطالما انتقد الغرب ومنظمات حقوق الإنسان ما يعتبرونه الاحتلال المغربي للصحراء ، والتي يطالب سكانها بالاستقلال. علما أن إسبانيا أبقت الصحراء مستعمرة لها حتى العام 1976، بعدها ضمت المغرب هذا القسم من الصحراء والذي تعتبره امتدادا طبيعيا للمغرب، فيما تطالب موريتانيا أيضا بأحقيتها فيه، وهو ما عارضته الجبهة الشعبية لتحرير الساقية الحمراء "جبهة البوليساريو" التي تحظى بدعم جزائري يهدف الى الاستقلال. وتقترح الرباط مشروعا للحكم الذاتي ولكن تحت سيادتها في الصحراء المغربية وعدد سكانها حوالي مليون، فيما تطالب حركة بوليساريو المدعومة من الجزائر بإجراء استفتاء حول الاستقلال، وتواجه وساطة الأممالمتحدة حول هذه المسألة طريقا مسدودا. جدير بالذكر أنه يشكل تجديد تفويض مهمة حفظ السلام معركة سنوية في مجلس الأمن بين فرنسا التي تدافع عن موقف المغرب، وبين الجزائر وإسبانيا الداعمين بقوة لجبهة البوليساريو. وأدى النزاع المسلح الذي انتهى بوقف إطلاق النار تحت رقابة الأممالمتحدة في 1991، بعشرات آلاف الصحراويين الى العيش في مخيمات بمنطقة تيندوف قرب الحدود الجزائرية مع المغرب. وقالت هيومن رايتس ووتش إن عددهم يتراوح بين 90 الفا و125 ألف لاجئ.