دعت الجمعية المغربية لحقوق الإنسان إلى المعالجة وفق المنظور الحقوقي السليم لملف الانتهاكات الجسيمة لحقوق الإنسان منذ الاستقلال إلى الآن، بما فيها الانتهاكات التي عرفتها البلاد بعد أحداث 16 ماي ,2003 وهو ما يتطلب بالخصوص، حسب بيان للجمعية بمناسبة ذكرى أحداث 16 ماي الأليمة، إطلاق سراح أو إعادة محاكمة معتقلي ما يسمى بالسلفية الجهادية الذين أدينوا في إطار المحاكمات غير العادلة. وتستنكر الجمعية، حسب بيانها توصلت التجديد بنسخة منه، كل التجاوزات والانتهاكات وكل الإجراءات التعسفية التي ترتكب تحت ذريعة محاربة الإرهاب، والتي تتجلى في الاختطافات بالمركز السري بتمارة، والتعذيب والمحاكمات غير العادلة، والتي لم تتوقف إلى يومنا هذا. وتؤكد الجمعية في بيانها أن المواجهة الجدية والفاعلة لظاهرة الإرهاب، التي استعمل فيها الشباب أداة لتحقيق أهدافه المقيتة، لا يجب أن تقتصر على الواجهتين الأمنية والقضائية، بل يجب أن تراعي أسبابها العميقة السياسية والاقتصادية والاجتماعية والثقافية، ومع الاحترام التام للحريات وحقوق الإنسان. وعلى المستوى الدولي تطالب الجمعية باتخاذ مواقف واضحة من قبل الدولة لمواجهة العدوان الإمبريالي وإرهاب الدولة الأمريكي الإسرائيلي ضد الشعوب، خاصة في فلسطين والعراق وأفغانستان، وللتضامن معها في مواجهتها للاحتلال، والابتعاد عن الانحياز للإدارة الأمريكية، وعن التطبيع مع إسرائيل ومع الصهيونية العالمية، والسعي إلى إنهاء كل بؤر التوتر بما يخدم السلم وحق الشعوب في تقرير مصيرها، باعتبار أن عدم تحقيق العدل بشأنها يجعل مصير البشرية والشعوب على بوابة بركان. وفي ربط غير مفهوم دعت الجمعية إلى جعل حد لاستعمال الدين لأهداف سياسية والمراجعة الشاملة للتوجهات الرسمية التعليمية والثقافية والإعلامية والدينية في اتجاه نبذ العقلية التكفيرية، أثناء حديثها عن إشاعة ثقافة التسامح الديني، وتشجيع التوجهات العقلانية والعلمية، ونشر ثقافة حقوق الإنسان على مستوى كافة أطوار التعليم وأجهزة الدولة، وفي كل قنوات الحياة الاجتماعية.