كشفت مؤسسة الأقصى للوقف والتراث، في مذكرة حملت عنوان مدينة القدس والمسجد الأقصى 2009 إلى أين؟، النقاب عن عشرات الانتهاكات التي تستهدف المسجد الأقصى المبارك، ولا زالت مستمرة من جانب سلطات الاحتلال، بهدف تهويده. وأكدت مؤسسة الأقصى في تقرير إحصائي جديد صادر عنها، أنها من خلال استقراء الأحداث، خاصة بعد العدوان الإسرائيلي على غزة؛ فإنّ مدينة القدس والمسجد الأقصى، قد تستهدفهما مزيد من الاعتداءات الخطرة خلال السنة الجارية. ووجهت مؤسسة الأقصى نداء عاجلاً إلى الحاضر الإسلامي والعربي والفلسطيني، لإنقاذ القدس قبل أن تُهوّد بالكامل، وإنقاذ المسجد الأقصى حتى لا يُهدم. وأوضحت المذكرة أنّ مدينة القدس ومقدساتها الإسلامية والمسيحية بشكل عام، والمسجد الأقصى بشكل خاص، استهدفتها خلال السنة الماضية (2008) هجمة شرسة من قبل سلطات الاحتلال وأذرعها المختلفة، طالت الإنسان والآثار، والتاريخ والحضارة، والحاضر والماضي. وأشارت المذكرة إلى أنّ تلك السلطات حاولت فرض وقائع على الأرض، وتسابق الزمن في تسارع ملفت للنظر، فتنفذ مشاريع السيطرة والتهويد، وتضع المخططات الشاملة وتتدرج بإخراجها إلى حيّز التنفيذ، الأمر الذي يشير إلى أنّ مدينة القدس الشريف والمسجد الأقصى مقبلة على مستقبل من الاستهداف الخبيث والخطير، حسب تحذيرها. وأوردت المذكرة تفاصيل موثقة للانتهاكات والتعديات الصهيونية على القدس والمسجد الأقصى، في مجالات عدة، مشيرة على سبيل المثال إلى أنّ عمليات اقتحام المسجد الأقصى تصاعدت بشكل ملحوظ خاصة في النصف الثاني من سنة ,2008 على شكل مجموعات يهودية تتكون من رجال ونساء وأطفال، مع تنظيم وإقامة شعائر دينية يهودية بارزة داخل المسجد، تتضمن قراءة أجزاء من التاناخ. كما لوحظ إقامة شعائر أخرى بحسب مسار محدد في أجزاء من المسجد الأقصى، وذلك بمباركة وحراسة مشددة من قبل الشرطة الصهيونية. وأضافت المذكرة أنه بينما كانت المجموعات التي تقتحم المسجد الأقصى لا تتعدى الأفراد القلائل، أصبحت الظاهرة البارزة هي أنّ الاقتحامات تتم بصورة مئات الأفراد على شكل مجموعات متتالية، كما أصبح يشارك بشكل بارز عدد كبير من الساسة الصهاينة، ما يشير إلى دعم ومشاركة من الجانب الرسمي الإسرائيلي لمثل هذه الاقتحامات. وبينما رصدت المذكرة جولات مشبوهة للمخابرات والشرطة الإسرائيلية في أنحاء المسجد الأقصى، فقد وثق انتهاكاً من نوع آخر هو تمكين سياح أجانب شبة عراة من التجوّل في المسجد. وعلاوة على الاعتداءات على حرّاس المسجد الأقصى، فقد منعت سلطات الاحتلال نشاطات مناصرة للمسجد، ومنعت الشرطة الإسرائيلية في حالات كثيرة إدخال وجبات الإفطار للصائمين داخله وصادرت هذه الوجبات، ما حرم الصائمين من تناول إفطارهم فيه.