افتتحت المروحيات الحربية الإسرائيلية اليوم الثالث من العدوان المتواصل على قطاع غزة بسلسلة غارات عنيفة فجر الاثنين 29-12-2008 استهدفت خلالها عدة مباني في الجامعة الإسلامية مما أدى إلى تدميرها وتصاعد أعمدة الدخان من مبانيها. وقد استهدفت طائرات (f16) بأكثر من خمسة صواريخ عدة مباني داخل الجامعة الإسلامية عرف من بينها مقر كلية العلوم التطبيقية، حيث اندلعت نيران كثيفة في المباني وتصاعدت أعمدة الدخان لفترات طويلة. وأعرب الدكتور كمالين شعث لقناة الجزيرة الفضائية عن استنكاره الشديد لاستهداف مبنى الجامعة المقامة على قطعة أرض تبلغ مساحتها 80 دونما، وقال حسبنا الله ونعم الوكيل، وماذا يمكنني أن أقول وقد بات كل شيء في قطاع غزة مستهدف ومباح . بدوره أكد الدكتور وليد المدلل أحد أساتذة الجامعة، أن القصف الذي تعرضت له الجامعة ليس الأول، لكنه الأعنف والأكثر جرأة، وأشار إلى أن الاحتلال استهدف الجامعة لأنها واحدة من منارات العلم الكبرى، وإحدى المؤسسات الشامخة والصامدة في وجه الاحتلال منذ تأسيسها في السبعينات . وأضاف كنا نستبعد من الاحتلال الصهيوني أن يستهدف الجامعة الإسلامية، لكن بعد أن تمت استباحة المساجد والمنازل المدنية فلم يعد شيئا مستبعدا على هذا الاحتلال .