أما جائزة البحث العلمي فقسمت إلى ثلاث جوائز، الأولى كانت من نصيب عبد اللطيف التويجري من السعودية، عن بحثه "تدبر القرآن الكريم"، وعادت الجائزة الثانية إلى أحمد عامر الدليمي من العراق، عن بحثه "أمثلية التدبر القرآني"، فيما حازت غنية النحلاوي من سوريا الجائزة الثالثة. وفاز بجائزة المناهج التعليمية شريف طه يونس من مصر (الجائزة الأولى)، وحسن أبو سعدة من مصر عن عمله دورة في مبادئ التدبر (الجائزة الثانية)، ومنحت الجائزة الثالثة مشاركة بين امحمد الفيلالي وأحمد العمراني من المغرب عن عملهما المشترك "معالم منهج تعليمي للتدبر". وعن جائزة الأفكار الإعلامية، كانت الجائزة الأولى من نصيب سمية رمضان تنيو، من الجزائر، عن فكرة معرض تدبر القرآن الكريم، الجائزة الثانية عادت لمحمد جابر داوود من مصر، عن فكرة إنتاج عمل مرئي لتدبر سورة الفاتحة. واختتم المؤتمر، أول أمس الخميس، بتسليم الجوائز للفائزين بخدمة تدبر القرآن، وإصدار توصيات للمعنيين بمتابعة العمل في هذا المجال بغية تنميته وتحسين نتائجه وآثاره في حياة المسلمين. وخصص المنظمون عددا من الجوائز للعاملين في مجال التدبر ممن قدموا بحوثا ودراسات متميزة، أو برامج عملية أو إعلامية هادفة، مع تكريم عدد آخر من المساهمين في هذا المجال. وتشتمل جوائز المؤتمر، وقيمتها 60 ألف دولار، على أربعة فروع، هي جائزة خدمة التدبر، وجائزة البحث العلمي، وجائزة المناهج التعليمية، وجائزة الأفكار الإعلامية في موضوع التدبر، مع حجب الجائزة التي كانت مخصصة لفرع المقاطع المرئية لعدم استيفائها للشروط المطلوبة. قال ناصر بن سليمان العمر، رئيس الهيئة العالمية لتدبر القرآن، إن "هذه الجوائز والتكريمات ليست إلا تعبيرا عن شعورنا بالجهود المبذولة في سبيل القرآن الكريم، وتشجيعا لكل من يعمل في هذا الميدان، راجين أن تكون بشرى لهؤلاء المؤمنين بالفوز في الآخرة". وأضاف العمر في تصريح لوسائل الإعلام أن "الجوائز وزعت على مستحقيها وفقا لما حددته لجنة تحكيم، اختير أعضاؤها من خارج الهيئة المنظمة، من العلماء الذين نثق في علمهم واستقلالهم". وأضاف أن "بعض الفروع كانت مدرجة في التباري وحجبت الجائزة عنها، ما يعني إنصاف الجائزة واستقلاليتها". وأوصى المؤتمر بتحديد الهيئة العالمية لتدبر القرآن، لتعريف واضح وشامل لمصطلح التَّدبُّر والاستفادة من مناهج السلف وكبار المفسرين في تدبر القرآن، ونشرها بين الناس،والتحذير من الطرق المنحرفة في تدبر القرآن الكريم، التي لاتلتزم بشروطه وضوابطه، والتركيز في المرحلة القادمة على حل الإشكالات وتصحيح المفاهيم الخاطئة للتدبر، وابتكار أساليب عملية معاصرة لتربية المسلمين على تدبر القرآن الكريم. كما دعا المؤتمر إلى دعم التجارب الناجحة في تدبر القرآن وإشاعتها بين الناس، وتوظيف تدبر القرآن في تبني منهج الوسطية، وحماية الشباب من الانحراف الفكري والسلوكي، وتقوية إيمانهم وتهذيب نفوسهم، وحمايتهم من الغلو والجفاء، وعقد المزيد من المؤتمرات والملتقيات العلمية لنشر تدبر القرآن بين المسلمين، وتفعيل الإعلام الجديد في نشر تدبره، وإبلاغ رسالته بلغة تناسب عامة المسلمين الناطقين بالعربية وغيرهم، والتنسيق بين المؤسسات والهيئات القرآنية في جميع البلاد الإسلامية، لتحقيق الشمول والتكامل في ما بينها. وشدد المشاركون في المؤتمر على ضرورة الارتقاء بمستوى الأبحاث والأعمال في مجال التدبر إلى مستوى يعود على المسلمين بالخير والبركات القرآنية. تخلل المؤتمر الذي امتد على مدى يومين، تنظيم ورشات عمل وحلقات نقاش ودورات تدريبية ومحاضرات حول محاور المؤتمر وموضوعاته المتنوعة عن التدبر، بالإضافة إلى معرض خاص بالإنتاج الفكري والتدريبي حول التدبر، شارك فيه عدد من المؤسسات المهتمة بالدراسات والأبحاث القرآنية. يذكر أن المؤتمر حضره أزيد من 500 شخص من جنسيات مختلفة، وقدم خلاله 21 بحثاً توزعت على خمس جلسات علمية قدمها وناقشها باحثون متخصصون ومهتمون بموضوع تدبر القرآن الكريم من مختلف البلدان العربية والإسلامية.