رغم أن التخلص من الخنازير لا يعد ضروريا لمكافحة فيروس «اتش1 ان1 » الذي سمي انفلونزا الخنازير، فان مذبحة الخنازيرمستمرة في مصر بقسوة كما يظهر في شريط فيديو تم بثه على شبكة الانترنت. وبحسب هذا الفيديو الذي بثته صحيفة «المصري اليوم» المستقلة والتقرير الصحافي الذي نشرته، فإن مئات الخنازير توضع في شاحنات ويتم نقلها إلى منطقة صحراوية في إحدى ضواحي القاهرة حيث يتم قتلها بمادة كيميائية ثم دفنها. وتم بث هذه الصور قبل يومين على موقع «يوتوب» وشاهدها حتى الان 25 الف شخص مما أثار استياء رجال دين مسلمين وأقباط. وفي حين لم يتم تسجيل اي اصابة بانفلونزا الخنازير في مصر، فان الحكومة المصرية هي الوحيدة في العالم التي قررت التخلص من كل قطعان الخنازير في البلاد أي ما يزيد على 250 ألف خنزير. ولا يستهلك لحم الخنزير في مصر إلا الاقباط إذ أنه محرم لدى المسلمين. وتقول منظمة الصحة العالمية ان قرار التخلص من الخنازير غير مبرر علميا. واتهم مثقفون عرب من المسلمين والمسيحيين الحكومة بالتحالف مع جماعة الاخوان المسلمين المعارضة التي كانت تشن حملة على وجود الخنازير في دولة اسلامية. وكتب الكاتب المغربي الطاهر بن جلون «الاقباط ضحايا الانفلونزا من دون ان تصيبهم العدوى». واعتبر ان الحكومة المصرية تصرفت بوضوح «تحت ضغط الاسلاميين». وقال الكاتب المصري سلامة احمد سلامة «أنه الغباء الانساني وليس مرض الخنازير» الذي يفسر هذا القرار. وإضافة الى الجدل حول قرار التخلص من الخنازير الذي فسرته الحكومة بانه اجراء وقائي للحفاظ على الصحة العامة في وقت توطن فيه مرض أنفلونزا الطيور في مصر، ثار جدل جديدحول طريقة اعدام الخنازيز. وفي شريط الفيديو، يظهر محمد المغربل وهو احد المسؤولين المحليين في منطقة الخصوص (القليوبية، على بعد حوالى 20 كيومترا شمال القاهرة) مؤكدا انه يتم القاء مادة كيميائية على الخنازير في الشاحنات فتموت ببطء. وقال رئيس المدفن الصحي علي شعبان في الشريط « يتم تغطية الخنازير بمادة الشبة، وهي مادة مطهرة تضاف اليها بعض المواد الكيميائية وتترك لمدة 30 الى 40 دقيقة حتى يتوقف التنفس تماما ثم يتم دفنها». ولكن وزارة الصحة تنفي قتل الخنازير بمادة كيميائية. وقال رئيس قطاع الامراض المعدية في الوزارة صابر عبد العزيز جلال لوكالة فرانس برس ان « المادة التي يتم رشها على الخنازيرهي مادة مطهرة والخنازير يتم ذبحها قبل دفنها». وقال رئيس لجنة الفتوى بالازهر الشيخ سالم محمد سالم ان قتل الحيوانات بهذه الطريقة « محرم في الاسلام ». ونشرت صحيفة «الاهرام إبدو» الاسبوعية التي تصدر باللغة الفرنسية تحقيقا عن ذبح الخنازير في مجزر البساتين (المجزر الوحيد في القاهرة). وأكدت الصحيفة أن «الخنازير الذكور يتم ذبحها وفقا للقواعد» الصحيحة، أما «الخنازير الصغيرة واناث الخنازير فيتم ضربها على رؤوسها بواسطة اسياخ من الحديد وتترك لتنزف حتى تموت».