رصدت الجمعية المغربية لأساتذة التربية الإسلامية، اختلالات بالجملة رافقت عملية مراجعة منهاج التربية الإسلامية، منها "تراجعه عن كثير من المكتسبات والتراكمات التي عرفتها المادة وتدريسيتها، بالإضافة إلى ظرفية الاستعجال والسرية التي طبعت صياغة المنهاج وإنتاج الكتب". كما تمثلت الاختلالات حسب بلاغ للجمعية توصلت جريدة "العمق" بنسخة منه، "في تجاوز المنهاج الجديد لبعض مرتكزات الميثاق الوطني للتربية والتكوين التي تنص على التدريس بالوحدات والمجزوءات، مما جعله نشازا بين سائر المواد الدراسية، ولا يساعد المتعلم على اكتساب الكفايات العرضانية، مع عدم التبرير التربوي لمحذوفات المنهاج السابق". ورصدت الجمعية أيضا، "عدم فتح المجال للتشارك والنقاش والتنافس الحقيقي، والالتزام بإجراءات دفتر التحملات الإطار حول إنتاج الكتب والمصادقة عليها، مع غموض التصور التربوي للمنهاج (غياب وثائق تربوية توضيحية مرفقة)، ثم غياب التحديدات المصطلحية للمفاهيم المعتمدة في المنهاج (المدخل- الغاية- المقصد- القيمة) وما تطرحه من تداخل وغموض". وتابع البلاغ، أنه من بين الاختلالات المرصودة، "قصور المنهاج المراجع وعدم استيفائه لمكونات المنهاج التربوي (الوسائل التقويم -المقاربات البيداغوجية والديداكتيكية)، وعدم مراعاة خصوصية المسالك على مستوى التعليم الثانوي التأهيلي (المسالك العلمية والتقنية والمهنية) ذات الحصة الواحدة (ومسلك الآداب)حصتان (ومسلك الآداب والعلوم الإنسانية ثلاث حصص)، مع التراجع الملحوظ والمعيب عن حصص التطبيقات والأنشطة رغم أهميتها ودورها في ترسيخ مجموعة من القيم وإذكاء الفاعلية على تدريسية المادة". وأشار البلاغ ذاته، إلى أنه "إذا كان أساتذة المادة ومؤطروها لم يتسرعوا في نقد المنهاج الجديد لانشغالهم بالبرامج والكتب المدرسية، محاولين فهم كيفية تصريفها وتنزيلها ميدانيا، فإنهم وقفوا بعد الممارسة الميدانية على تلك الاختلالات في التصور العام للمنهاج، تجلت في غموض فلسفته من جهة، ومدى انسجام هذه الفلسفة مع طبيعة التأليف المدرسي من جهة ثانية، مما أثر سلبا على جودة إنتاج الكتب المدرسية، وكذا على الاشتغال الصفي وتنزيل مقتضيات المنهاج". وأوضحت الجمعية، أنه "بما أن الوزارة الوصية اعتبرت الموسم الدراسي 2016 – 2017 سنة تجريبية، فإنها تفاعلت مع هذا التوجه، وعملت على صياغة مذكرة تعبر فيها عن انخراطها في التطوير والإصلاح باستحضار مجموعة من المكتسبات والتراكمات، حيث تم تسليمها إلى مدير المناهج بتاريخ 31 ماي 2017، كما رفعتها بتاريخ 11 يوليوز 2017 لكل من وزير التربية الوطنية والتكوين المهني والتعليم العالي والبحث العلمي، ووزير الأوقاف والشؤون الإسلامية، ورئيس المجلس العلمي الأعلى، ورئيس المجلس الأعلى للتربية والتكوين والبحث العلمي".