خبر انتماء العلامة الدكتور مصطفى بنحمزة لحزب الأحرار كتبه "قلم" معروف بكتابته تحت الطلب وفي جنح الظلام،وقصصه (...) أضحى يعرفها القاصي قبل الداني،وهو ما سنعود له في مقال لاحق. وقد نفى رئيس المجلس العلمي المحلي بوجدة العلامة الدكتور مصطفى بنحمزة خبر انتماءه لحزب التجمع الوطني للأحرار، تمهيدا لتكليفه بوزارة الأوقاف والشؤون الاسلامية في الحكومة المقبلة، مؤكدا بأن هذا الخبرعار من الصحة، وأنه فوجئ بتداوله ونشره بين الناس. وقال عضو المجلس العلمي الأعلى «لم يتصل بي أي حزب، ولا أنوي الانضمام إلى أي حزب كيفما كان نوعه، لأن موقع العالم محدد سلفا، فمهمته هي العلم ثم العلم فالعلم لما فيه صلاح لهاته الأمة واستقرارها، ويجب أن يبقي على مكانته بهذه الصفة، وعلى مسافة مع جميع الأطياف السياسية»، مشددا على أنه لا يتحيز لأي جهة كانت، ويحافظ على علاقات جيدة مع جميع الأطياف السياسية. وأضاف الأستاذ الجامعي سابقا وعضو الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين بالقول «لست شخصا متضلعا في الأمور الإدارية حتى أصبح وزيرا للأوقاف والشؤون الإسلامية، فأنا أعتبر نفسي غير مؤهلا ولا أستطيع الوفاء بمتطلباتها، وهناك من هم أقدر مني وأكفأ في هذه المسؤولية الجسيمة، فأنا لست الشخص المناسب لأكون وزيرا».