رغم أن الأمر يتعلق بأرفع شهادة علمية تتوج المسار الدراسي الجامعي، وتعبد الطريق إلى الإنتاج العلمي، فإن الاختلالات التنظيمية والإدارية والأخلاقية التي تطبع سلك الدكتوراه بالمغرب لا تعد ولا تحصى، حسب تقرير رسمي أنجزه المجلس الأعلى للتربية والتكوين والبحث العلمي. التقرير الموضوعاتي الأول من نوعه الذي أنجزه المجلس، الذي يقوده المستشار الملكي عمر عزيمان، تحت عنوان "تقييم سلك الدكتوراه..لتشجيع البحث والمعرفة"، وحصلت هسبريس على نسخة منه، أكد أن هذا المسلك يفتقر إلى سياسة واضحة ومعلنة في مجال البحث العلمي. ويتوفر المغرب، بعد مضي أكثر من عشر سنوات على تفعيل سلك الدكتوراه في إطار إصلاح نظام الإجازة- الماستر- الدكتوراه (LMD)، على أكثر من 55 مركزا داخل الجامعات المغربية، و4 مراكز في مؤسسات التعليم العالي غير التابعة للجامعة. وعلى مستوى التمويل، أورد التقرير أنه زيادة على ضعف النفقات التي توفرها الدولة فإن القطاع الخاص لا يساهم إلا بقسط ضئيل في تمويل البحث، وأشار إلى أن "هذا الضعف في موارد التمويل، وتعقيدات التدبير المالي الذي تجمع الجامعات والمقاولات على شجبه، لا يشجعان الباحثين المغاربة على الانخراط في مشاريع البحث، ويحدان بالتالي من إمكانات وضع مشاريع بحث لفائدة طلبة سلك الدكتوراه". ولا تتجاوز مساهمة القطاع الخاص في نفقات البحث العلمي من أجل التنمية نسبة 0.22 في المائة من الناتج الداخلي الخام، وهي نسبة هزيلة مقارنة مع بلدان أخرى كفرنسا (%1.44)، وبريطانيا (1.47%)، وروسيا (0.66%). أما في الجزء المتعلق بأخلاقيات البحث العلمي، فكشف التقرير المرتقب أن يصدر للعموم أن مراكز الأبحاث لا تضع معايير صارمة لصيانة حقوق المؤلف واحترام الملكية الفكرية، وقال "إن أغلب المسؤولين عن مراكز الدراسات في الدكتوراه ونواب الرؤساء يشتكون من تفشي ظاهرة الغش، والسرقة الأدبية والعلمية في المجتمع العلمي". والمثير في التقرير الرسمي أن المراكز المشرفة على البحوث لا تراقب ظاهرة الغش والسرقة وعملية خطف أفكار أو كلمات شخص آخر خلال تقديم الأطروحة للمناقشة. وبرر المصدر ذاته تفشي هذه الظواهر بسبب عدم توفر المراكز على البرمجيات المختصة والكفاءات والموارد الضرورية لإنجاز مهمة المراقبة والتتبع. وخلص التقرير إلى أن الأخلاقيات العلمية والمبادئ في مجال البحوث لا تحظى بالمكانة اللائقة في إجراءات مراكز الدراسات في الدكتوراه، "إذ لا يوجد فيها حاليا أي جهاز لإقرار علاقة الشفافية بين الطالب والمؤطر، وتقتصر عملية التتبع على تقرير سير الأطروحة الذي ينجزه الطالب المؤطر". المصدر ذاته أكد أن عددا متزايدا من المجلات العلمية ودور النشر يستلزم اليوم "شهادة الأخلاق" قبل نشر أي نتيجة علمية، خصوصا عندما يتعلق الأمر بالتحقيقات، والنتائج الإكلينيكية، والإحصائيات، والعمل الاجتماعي الميداني؛ وهو الأمر الذي يفسر عدم نشر الباحثين المغاربة لأعمالهم في المجلات العلمية المرموقة. وينص القانون في المغرب على أن الالتزام الوحيد بالنسبة للأستاذ المؤطر والطالب هو ميثاق الأطروحة الذي يوقعانه عند التسجيل في سلك الدكتوراه، ولا يطالب أي واحد منهما بأي التزام آخر، الأمر الذي يفتح المجال أمام ممارسات غير أخلاقية أم ما يُصطلح عليه بالإنجليزية بظاهرة Plagiarism. علاوة على ذلك، يشير التقرير إلى أن جودة الأبحاث والمواضيع التي يتم اختيارها تبقى ضعيفة، كما أن مراكز التكوينات في سلك الدكتوراه، سواء كانت في العلوم التقنية، وعلوم المهندس، أو في العلوم الإنسانية والاجتماعية، أو في القانون والاقتصاد والاجتماع، هي تكوينات عامة. "إن تلك التكوينات تتشابه في مختلف الجامعات، ما يعكس نوعا من استنساخ مواضيع المسالك، ونقصا في القدرة على نهج سياسة تمايزية، وإبراز الامتيازات المقارنة التي تتوفر عليها الجامعة، أو بعدها الجهوي الخاص"، يورد تقرير المجلس الأعلى للتعليم، الذي لاحظ وجود التكرار الكبير في مواضيع البحث، وإعادة إنتاج الثغرات التي عرفها نظام وحدات التكوين.