يبدو أن توتر العلاقات السياسية بين الجزائر والمغرب يخفي وراءه علاقة أمنية دافئة بين أجهزة الأمن في البلدين، ففي اطار مواجهتها لموجة تجنيد الجهاديين للقتال في سوريا، اتفقت مصالح الأمن المغربية والجزائرية على انشاء لجنة أمنية تقنية متخصصة في ملاحقة الخلايا التي تعمل على تجنيد سلفيين جهاديين للقتال في سوريا، و يتم التعاون فيها مع دول غربية كإسبانيا وألمانيا وفرنسا. وحسب ما كشفت عنه احدى الصحف الجزائرية، فإن لجان أمنية تقنية متخصصة، مشتركة بين البلدين، تواصل العمل على 3 ملفات، تم التوافق على التنسيق بشأنها على أعلى مستوى في الجزائر والمغرب؛ عبر لجنة أمنية متخصصة في ملف الخلايا التي تعمل على تجنيد سلفيين جهاديين للقتال في سوريا.
كما تعمل لجان أمنية مغربية – جزائرية مشتركة في مجال الأمن البحري لمنع عمليات التسلل والإرهاب والتهريب البحري في إطار التنسيق مع دول جنوب أوروبا. وتنسق مصالح القوات الجوية المغربية والجزائرية في إطار اتفاقيات مكافحة الإرهاب الجوي لضبط أمن الأجواء وحماية سلامة الملاحة الجوية والطيران التجاري العالمي في الطرق الجوية التي تخترق البلدين.
من جهة أخرى، تنسق قوات الجيشين المغربي والجزائري لمواجهة الأحداث الطارئة عن طريق خط اتصال بين البلدين، تم الاتفاق على إنشائه سنة 1989، يؤمّن الاتصال الساخن بين قيادات الجيشين المغربي والجزائري على الحدود، للتصدي لأي حادث غير متوقع.
وحسب نفس المصدر، فإن توتر العلاقات السياسية بين الجزائر والمغرب لا يعكس بالضرورة توترا في أجهزة الأمن في البلدين، حيث يتعامل العسكريون المغاربة والجزائريون وضباط الأمن والمخابرات في لجان ارتباط أمنية وعسكرية مشتركة، بعضها يلتزم به الطرفان في إطار الاتفاقات الدولية مع حلف الأطلسي وفي إطار مجموعة 5+5، والبعض الآخر في إطار اتفاقات ثلاثية مع طرف ثالث أهمها الولاياتالمتحدة.