La première journée de la phase de poules aura lieu le 3 octobre 2016 et la sixième et dernière journée est programmée le 6 novembre 2017. Entre la première et la dernière journée, quatre autres journées seront disputées entre le 7 novembre 2016 et 2 octobre 2017. Cette dernière phase éliminatoire regroupera les 20 nations africaines qualifiées à l'issue du 2e tour clôturé mardi. Cinq groupes de quatre équipes seront constituées. Le premier de chaque groupe se qualifiera pour le mondial russe 2018. Les vingt nations qualifiées pour le dernier tour (phase de poules): Algérie, Afrique du Sud , Burkina Faso, Cameroun, Congo, Côte d'Ivoire,Cap-Vert, Egypte, Gabon, Ghana, Guinée, Libye, Mali, Maroc, Nigeria, Ouganda, RD Congo, Sénégal, Tunisie, Zambie.
Dates des six journées de la phase de poules:
1e journée : 3 octobre 2016. 2e journée : 7 novembre 2016. 3e journée : 28 août 2017. 4e journée : 2 septembre 2017. 5e journée : 2 octobre 2017. 6e journée : 6 novembre 2017.