L'Union des Comores a exprimé son profond étonnement et son rejet catégorique de la signature d'un mémorandum d'entente entre le Secrétariat exécutif de la Communauté de Développement d'Afrique Australe (SADC) et l'entité autoproclamée « République sahraouie ». Cette réaction a été exprimée dans une Note Verbale adressée par le Ministère comorien des Affaires Etrangères au Secrétariat de la SADC. Selon ce document officiel, le ministère a appris avec surprise la signature de cet accord le 2 avril 2025 au siège du Secrétariat exécutif de la SADC, à Gaborone (Botswana), soulignant que cette initiative ne reflète en rien l'esprit d'unité africaine et qu'elle ne correspond pas à la position officielle des Comores. À travers cette note, l'Union des Comores a réitéré sa position constante sur la question du Sahara marocain, exprimée à maintes reprises, notamment lors de l'entretien entre le ministre comorien des Affaires Etrangères et son homologue marocain, Nasser Bourita, en marge de la 79e session de l'Assemblée générale des Nations Unies. À cette occasion, le ministre comorien avait confirmé le soutien total de son pays à l'intégrité territoriale du Royaume du Maroc et à sa souveraineté sur l'ensemble de son territoire, y compris ses provinces du Sud. La diplomatie comorienne a également salué l'initiative marocaine d'autonomie, la qualifiant de seule solution réaliste et crédible pour clore ce différend régional artificiel. La Note Verbale a rappelé que la question du Sahara relève exclusivement de la compétence du Conseil de sécurité des Nations Unies, appelant au respect des résolutions internationales en la matière. Les Comores ont également rappelé leur engagement envers la décision 693 adoptée lors du Sommet de l'Union Africaine tenu à Nouakchott en 2018, laquelle a permis de replacer le dossier du Sahara marocain dans son cadre onusien légitime, tout en protégeant l'Union Africaine contre toute tentative de politisation nuisible à son unité et à son intégration. Le gouvernement comorien a en outre rejeté fermement toute tentative d'impliquer la SADC dans ce dossier, arguant que cette implication dépasse le champ géographique clairement défini par la charte constitutive de l'organisation, laquelle limite ses actions à la région de l'Afrique Australe. Dans sa conclusion, le ministère des Affaires Etrangères des Comores a averti que toute interférence de la SADC dans la question du Sahara marocain risque de nuire à la crédibilité de cette organisation régionale, l'appelant à respecter ses principes fondateurs et à éviter toute déviation politique. Il convient de rappeler que l'Union des Comores a été l'un des premiers pays à manifester son soutien concret à la souveraineté marocaine sur son Sahara, en inaugurant un consulat général dans la ville de Laâyoune le 18 décembre 2019, acte symbolique fort de son engagement constant aux côtés du Maroc.