لم تكد الأطراف السودانية توقع على اتفاق المرحلة الانتقالية السبت، حتى بدأت بعض العراقيل تطفو على السطح، حيث طلبت قوى الحرية والتغيير من المجلس العسكري مهلة 48 ساعة لحسم مرشحيها للمجلس السيادي، بعد اعتراضات داخلية على بعض الأسماء المرشحة. ومساء الأحد أعلن القيادي في تحالف قوى الحرية والتغيير ساطع الحاج أسماء مرشّحي التحالف الخمسة لعضوية المجلس السيادي، وهم: عائشة موسى، وصديق تاور، وحسن شيخ إدريس، ومحمد الفكي سليمان، وطه عثمان. في المقابل، أعلنت لجنة أطباء السودان المركزية ونقابة الأطباء الشرعيين وشبكة الصحفيين، في بيانات، اعتراضهم على بعض المرشحين. وقالت شبكة الصحفيين إن ترشيح طه عثمان عن تجمع المهنيين لمنصب بالمجلس السيادي « أمر يخالف قرارات التجمع ». وأضافت أن « قرارات التجمع تقضي بعدم المشاركة في المجلس السيادي ومجلس الوزراء ». بدورها، قالت نقابة أطباء السودان الشرعية « عهدنا كان ألا نشارك في هياكل السلطة الانتقالية على مستوى مجلس السيادة ومجلس الوزراء، لكن ما حدث اليوم من تقديم عضو من التجمع لعضوية المجلس السيادي هو تجاوز لهذا العهد ». وتضم هياكل السلطة خلال الفترة الانتقالية ثلاثة مجالس، هي: مجلس السيادة، ومجلس الوزراء، والمجلس التشريعي. من جانبه أعلن المحامي طه عثمان -مرشح قوى الحرية والتغيير لعضوية المجلس السيادي- اعتذاره عن قبول الترشيح، بعد موجة احتجاجات على ترشيحه. وعلمت الجزيرة نت من مصدر دبلوماسي سوداني فضل عدم الكشف عن اسمه، أن المجلس العسكري وقوى الحرية والتغيير اتفقا على تعيين رجاء نيقولا عبد المسيح عضوا بالمجلس السيادي السوداني. وذكر المصدر أن رجاء مستشارة من السودانيين الأقباط في وزارة العدل، اختيرت للمقعد الحادي عشر الذي تنص الوثيقة الدستورية على أن يتوافق عليه الطرفان. من جهة أخرى، كشف المصدر نفسه أن مرشح قوى الحرية والتغيير لمنصب رئيس الوزراء الخبير الاقتصادي عبد الله حمدوك، سيصل اليوم الاثنين إلى الخرطوم. وتوقع المصدر أن يؤدي حمدوك اليمين أمام المجلس السيادي يوم غد الثلاثاء، قبيل البدء في تشكل الحكومة السودانية المرتقبة. وعقد كل من المجلس العسكري وممثلين لقوى الحرية والتغيير اجتماعا في القصر الرئاسي الأحد، للتوافق على المرشح الحادي عشر للمجلس السيادي. وحال اكتمال الاتفاق سيصدر رئيس المجلس العسكري عبد الفتاح البرهان مرسوما دستوريا بتشكيل المجلس السيادي السوداني وتعيين أعضائه، وهو ما يعني عمليا نهاية أجل المجلس العسكري وحقبته. ووقع المجلس العسكري وقوى إعلان الحرية والتغيير في السودان، السبت، بصورة نهائية على وثيقتي « الإعلان الدستوري » و »الإعلان السياسي » بشأن هياكل وتقاسم السلطة في الفترة الانتقالية. واتفقت قوى التغيير والمجلس العسكري على جدول زمني لمرحلة انتقالية من 39 شهرا، يتقاسمان خلالها السلطة وتنتهي بإجراء انتخابات. ويتكون مجلس السيادة من 11 عضوا، هم خمسة مدنيين ترشحهم قوى التغيير، وخمسة عسكريين يرشحهم المجلس العسكري، إضافة إلى عضو مدني آخر يتفق عليه الطرفان. وعلى غرار ما حصل السبت، تواصلت في شوارع الخرطوم الأحد الاحتفالات الشعبية بتوقيع الاتفاق الذي يأمل السودانيون أن يضمن لهم حياة أفضل ومزيدا من الحريات.