بعد غياب طويل عن الساحة، ووقف تسجيلاته الصوتية، تناولت بعض المواقع في كون الإرهابي أيمن الظواهري يدعو أتباعه في تنظيم القاعدة الى القتال والتوجه إلى شمال إفريقيا بعد محاصرته في عدة بؤر جعلت منها قاعدة ميدان للتخريب والقتال، ووجه الظواهري الذي ظهر " فجأة" بيانه من أجل حماية والدفاع عن " إخوانه" في بلاد المغرب الإسلامي، ولكون الظواهري هو أولا وقبل كل شيء إرهابي ومحرض على العنف، وباعتباره عميل بعض القوى الامبريالية، فانه يظهر من اجل تحقيق غرض معين، خصوصا وأن منطقة شمال إفريقيا التي تنعم بالاستقرار، وتنظيم القاعدة نشط في جنوبالجزائر وشمال إفريقيا...ليبقى المغرب بعيد كل البعض عن هذه التهديدات باعتبار يقظة السلطات المغربية التي أوقفت العديد من الخلايا النائمة ومنها من يتبع تنظيم الظواهري في فكره الإجرامي والإرهابي، ورغم انه الظواهري وضعته الولاياتالمتحدة الأميركية في إحدى المناسبات في قائمة المطلوب القبض عليهم بعد تفجير سفارتيها بنيروبي ودار السلام في 1998، ثم وجهت إليه اتهاما مباشرا بالضلوع مع أسامة بن لادن في تفجيرات 11 ستنبر واعتبرته الساعد الأيمن لتنظيم القاعدة وبن لادن خاصة بعد أن وقع على الفتوى الداعية إلى إهدار دم الأميركيين الذين اتهمهم بالعمل على إنشاء تحالف صليبي يهودي لمحاربة الإسلام. ..لكن بعد غيابه الطويل وظهور بيان اسند اليه يحاول الظواهري توجيه أتباعه الى المناطق الهادئة، مع العلم ان الظواهري كما كشفت بعض التحقيقات أنه حذر قيادي جماعة الاخوان المسلمين بوقوعهم ضحية الاغتيال من جهة لم يحددها الظواهري. وهذا ليس غريبا عن الظواهري الذي يعد يجعل من الجهاد احد أهدافه، وهذا ما نهجته جماعة الجهاد التي يعتبر الظواهري أحد أبرز قادتها بعمليات عسكرية عنيفة داخل مصر منها محاولة اغتيال رئيس الوزراء السابق عاطف صدقي ووزير الإعلام صفوت الشريف، الأمر الذي جعل أجهزة الأمن المصرية تتعامل مع أفراد هذه الجماعة بعنف عبر عنه وزير الداخلية الأسبق زكي بدر بمقولته الشهيرة "الضرب في سويداء القلب" أي إطلاق الشرطة النار واغتيال بعض قيادات التنظيم في وضح النهار وفي عرض الشارع إذا تمكنت ذلك.
ولمن لا يعرف الظواهري فتاريخه حافل بالسجل الدموي وانضمامه للتنظيمات الدموية، فهو أحد أعضاء في خلية سرية تكونت عام 1968. و ظهر لدى القبض عليه في 23 أكتوبر 1981 أنه وصل إلى درجة أمير التنظيم ومشرفا على التوجيه الفكري والثقافي لحركة الجهاد والجماعة.
وبحلول عام 1979، إنضم الظواهري إلى منظمة الجهاد الإسلامي وانتظم فيها إلى ان اصبح زعيم التنظيم ومن المسؤولين على تجنيد الدماء الجديدة في صفوف التنظيم. وحينما اغتال خالد الاسلامبولي الرئيس المصري الراحل محمد انور السادات، نظمت الحكومة المصرية حملة اعتقالات واسعة وكان الظواهري من ضمن المعتقلين الا ان الحكومة المصرية لم تجد للظواهري علاقة بمقتل السادات وأودع الظواهري السجن بتهمة حيازة أسلحة غير مرخصة.
في عام 1985 أفرج عنه فسافر إلى المملكة العربية السعودية ليعمل في أحد المستشفيات ولكن لم يستمر في عمله هذا طويلا.
و بعد ذلك سافر إلى الباكستان و منها لأفغانسان حيث إلتقى أسامة بن لادن و بقي في أفغانستان إلى أوائل التسعينات حيث غادر بعدها إلى السودان و لم يغادر إلى أفغانستان مرة ثانية إلا بعد أن سيطرت طالبان عليها بعد منتصف التسعينات.