قالت هيئة علماء المسلمين إنها على قناعة تامة من أن ما يسنّ في زمن الاحتلال لن يبقى بعد رحيله، وإنها على إيمان كبير وثقة تامة بوعي العراقيين جميعاً وقدرتهم على تجاوز محنة الاحتلال وما يترتب عليها من أمور لا ترضي الله ولا تحقق لهم شيئاً مذكوراً. جاء ذلك في بيان رفضت فيه الهيئة تغيير مجلس النواب الحالي لملامح العلم، حيث استهجنت الهيئة تصويت مجلس النواب الحالي على تغيير ملامح العلم العراقي وإسقاط النجمات الثلاث منه وإثبات عبارة (الله أكبر) بالخط الكوفي على أن يعاد النظر فيه بعد سنة، واصفة ذلك بأنه خطوة ليست بمستغربة. وأضافت أن هذا التغيير يأتي في إطار سلسلة طويلة من القرارات التي تمس سيادة العراق، وتقدح في مشاعر غالبية العراقيين الذين رفضوا هذا التغيير في ظل احتلال ظالم وقوى مهيمنة استأثرت بقرار العراق السياسي من خلال مجلس نواب تحركه لتنفيذ رغباتها متى شاءت. وبينت الهيئة أن هذا التغيير فاقد لصفة الشرعية؛ لكونه يأتي في ظل عملية سياسية تجري في زمن الاحتلال.