يمارس المجلس الأعلى للحسابات مهمة قضائية في ميدان التأديب المتعلق بالميزانية والشؤون المالية. ويختص، في هذا الإطار، بمعاقبة المسؤولين والموظفين والأعوان العاملين بإحدى الأجهزة الخاضعة لاختصاصه، والذين قد يرتكبون إحدى المخالفات المنصوص عليها في المواد 54 و 55 و 56 من القانون رقم 62.99 المتعلق بمدونة المحاكم المالية، وذلك بعد متابعتهم من طرف النيابة العامة لدى المجلس. في هذا الإطار، بلغ عدد القضايا الرائجة أمام المجلس الأعلى للحسابات في فاتح يناير 2011 ما مجموعه 72 قضية يتابع في إطارها 292 شخصا. وبالإضافة إلى هذه القضايا، رفعت أمام المجلس بواسطة الوكيل العام للملك ثلاث قضايا جديدة، خلال سنة 2011 ، تابعت النيابة العامة بشأنها 28 شخصا، ليصبح العدد الإجمالي للقضايا الرائجة أمام المجلس ما مجموعه 75 قضية تهم 320 متابعا. في إطار أنشطته القضائية، يتولى المجلس الأعلى للحسابات التدقيق والبت في حسابات مصالح الدولة والمؤسسات العمومية التي تتوفر على محاسب عمومي. وقد بلغ عدد الحسابات التي تم البت فيها خلال سنة 2011 ما مجموعه 2674 حسابا منها 1309 حسابا تهم القباضات والمداخيل البلدية و الخزينات الجماعية. وقد تم تبليغ 23 ملاحظة من أصل 48 تم تسجيلها بمناسبة التدقيق في الحسابات، إلى المحاسبين العموميين الذين يتعين عليهم الإجابة داخل الآجال القانونية. ومن جهة أخرى أصدر المجلس خلال سنة 2011 ما مجموعه 2768 قرارا نهائيا. أي بنسبة ارتفاع بلغت 404 % مقارنة معالسنة الماضية. وتجدر الإشارة إلى أن عدد الحسابات التي توجد في طور الحكم قد بلغ 524 حسابا.