أكد الأستاذ الجامعي بكلية الشريعة و خطيب الجمعة بفاس أن توقيفه من طرف وزير الأوقاف و الشؤون الإسلامية عن صعود المنبر ليس الغاية منه استهدافه كشخص و إنما الهدف هدم المنبر حتى لا يقوم بدوره الحقيقي، و إخراس صوت العلماء و الوعاظ و الخطباء الذين يفقّهون الناس في أمور دينهم و لا يترددون في قول كلمة الحق، قائلا " المسالة أنه يراد هدم المنبر و إسكات الخطباء الناصحين الصادقين الذين يبدلون الجهد ما أمكن لإيصال كلام الله على هدي رسول الله". و اعتبر الخمليشي في اتصال مع "شبكة أندلس الإخبارية" أن التوقيف بالنسبة إليه أمر عادي لأنه يعمل على أن يبلغ كلمة الحق بالحسنى وفق الضوابط الشرعية، و أضاف أنه يعمل على تنبيه الناس إلى الظواهر غير الأخلاقية من باب النصيحة و محبة في هذا البلد، و أضاف أن هذا واجب العالم والخطيب و الواعظ الذي يغار على أمته، كما صرح أن "من أوقف الخطيب اليوم فليعلم أنه غدا سيوقفه الله يوم القيامة". و شدد الأستاذ الجامعي أن المنبر يجب أن يؤدي رسالته بالنصح و الكلمة الطيبة و يبين المنكر و الصلاح و يدعو الناس إليه و يحذر الناس من المنكر و يدعو للجميع بالهداية، مضيفا أن الناس يتفاعلون مع الخطيب القريب منهم و من هموهم، و يحبهم و يحبونه، و ليس الخطيب الذي يعيش بعيدا عن واقع الناس و يفرض عليهم في المساجد. و جاء في قرار التوقيف عن وزارة الأوقاف و الشؤون الإسلامية حصلت عليه "شبكة أندلس الإخبارية" أنه بناءا على القانون الصادر في 10 مارس 2006 بتحديد شروط التعيين للقيام ببعض المهام الدينية و خاصة المادتان 6 و 7 منه و على كتاب المجلس العلمي المحلي بفاس عدد 638/2013 حول استفسار السيد محمد الخمليشي خطيب مسجد الإمام علي بفاس الذي أقر بإقحامه، في خطبته ليومي 31 ىماي و 7 يونيو 2013، موضوع مهرجان موازين بالرباط و مهرجان الموسيقى الروحية بفاس ..تقرر إعفاء السيد محمد الخمليشي من مهمة الخطابة بمسجد الإمام علي بفاس.حسب ماجاء في القرار . و في تعقيبه عن ذلك أضاف الخمليشي "أنني قلت كيف يعقل أن تأتي مغنية بريطانية و تتعرى أمام الجميع بهذه الوقاحة و يقدم لنا هذا أنه هو الفن الراقي، قلت لهم قدموا لنا الفن الجميل المؤدب الذي يبني القيم و لا يهدمها، و حتى عندما تحدثت عن ما يسمى موازين فلست أنا أول من تحدث في ذلك أنا قرأت في الإعلام و قمت بدوري". و أوضح المتحدث أنه مُنع من منبر الجمعة و ليس هو من تخلى عنه و أنه سيواصل العمل على دعوة الناس و إرشادهم و تقويم ما يراه غير سليم مشيرا أنه سيتمر في ذلك كما كان و لن يشد الامر من عزيمته،كما دعا في الوقت ذاته الوزارة إلى التراجع عن قرارها و إتاحة الفرصة له للعودة إلى المنبر، و ألا تتم معالجة الأمور بالأخطاء.