لم تنظر محاكم الجنايات المصرية قضية فساد مالى كبيرة تضم جناية إهدار المال العام والاستيلاء على أموال الدولة بحجم قضية القصور الرئاسية، وذلك لعدة أسباب، أولها قيمة الأموال المستولى عليها من المال العام وقيمتها 125 مليون جنيه والثانى أنها قضية متهم فيها رأس الدولة والموظف العام الأول فيها وهى سابقة هى الأولى من نوعها فى تاريخ القضاء المصرى، فضلا عن أن كل الاتهامات تعلقت بمؤسسة الرئاسة وأعمال خاصة للعاملين فيها. الأصل بعد كل هذه الحجج أن تكون هيئة قضايا الدولة باعتبارها - محامى الدولة - مدعية مدنيا فى القضية، وتطالب بتعويض مالى كبير يدخل فى موازنة الدولة بعدما لحق بالدولة من أضرار جراء الاستيلاء على الأموال العامة لسنوات طويلة، والإنفاق على الممتلكات الخاصة لرئيس الجمهورية الأسبق محمد حسنى مبارك. الجديد أن عدم وجود هيئة قضايا الدولة يضيع على الدولة أن تستعيد حقوقها لدى النظام السابق الذى نهب ممتلكات الدولة، ووصل الفساد به إلى مرحلة أن يكون وزير الإسكان الأسبق محمد إبراهيم سليمان هو المشرف الأول على تنفيذ فيلات مبارك والعائلة فى شرم الشيخ دون أى اعتبار لمنصبه الوظيفى، وتعارضه التام مع النظام العام للدولة. الأزمة الكبرى فى قضية القصور الرئاسية هى أنها لا تتضمن أى مدعين بالحق المدنى، وهو الأمر الذى يزيد من الموقف القانونى لمبارك وعائلته، خاصة أن محاميهم فريد الديب يعمل بكل حرية فى القضية وبدون أى ضغوط، فضلا عن أنه ينسق بين كل هيئة الدفاع ليصل إلى ما يريد فى النهاية من براءة مبارك ونجليه علاء وجمال. وبحسب أمر الإحالة فإن تحقيقات نيابة الأموال العامة العليا كشفت عن تمكين 4 متهمين فى القضية لمبارك ونجليه علاء وجمال من الحصول على منفعة تطوير وإنشاء المقرات المملوكة لهم ملكية خاصة، دون سداد مقابلها، وتحميل ذلك المقابل على الموازنة العامة للدولة المخصصة لوزارة الإسكان والخاصة بموازنة مراكز اتصالات رئاسة الجمهورية، بقيمة 125 مليون جنيه، على نحو ترتب عليه إلحاق الضرر بالمال العام، من خلال تحميل هذه الأموال على الموازنة العامة للدولة دون وجه حق. كما ثبت من التحقيقات، أن المتهمين الجدد برئاسة الجمهورية وشركة المقاولون العرب، اعتمدوا المستخلصات الخاصة بأموال مراكز اتصالات رئاسة الجمهورية، حيث أظهرت التحقيقات أنهم اعتمدوا مستخلصات الأعمال المنفذة بالمقار الخاصة للمتهمين حسنى مبارك ونجليه علاء وجمال «والسابق إحالتهم للمحاكمة» وإدراجها على أنها منفذة بمراكز اتصالات رئاسة الجمهورية دون وجه حق. وباشرت النيابة التحقيق فى القضية منذ بدايتها، وأظهرت التحقيقات قيام المتهمين «الرئيس السابق حسنى مبارك ونجليه علاء وجمال» بإجراء أعمال إنشاءات وتشطيبات وديكورات فى المقار العقارية الخاصة بهم بمصر الجديدة، وجمعية أحمد عرابى، ومرتفعات القطامية وشرم الشيخ ومارينا ومكاتب علاء وجمال مبارك بشارعى السعادة ونهرو بمصر الجديدة، وذلك فى غضون الفترة من عام 2002 وحتى 2011 تاريخ تنحى مبارك عن السلطة، ودفع قيمة تكلفة تلك الأعمال من الميزانية المخصصة لرئاسة الجمهورية. واستمعت النيابة خلال التحقيقات إلى المقاولين المنفذين لتلك الأعمال والذين زاد عددهم على 70 مقاولاً، والمنفذين للأعمال الكائنة بالمقرات العقارية الخاصة بالمتهمين، وثبت حصولهم على تكلفة تلك الأعمال من الميزانية العامة للدولة، كما استمعت النيابة، إلى مهندسى رئاسة الجمهورية والسكرتارية الخاصة برئاسة الجمهورية، حيث أقروا بصحة تلك الوقائع على مدار السنوات من 2002 وحتى 2011، كما ثبت من تقرير اللجنة المشكلة بمعرفة النيابة من الجهاز المركزى للمحاسبات وكلية الهندسة بجامعة عين شمس، ثبوت تلك الجرائم. وكانت تحريات هيئة الرقابة الإدارية، قد أفادت بقيام الرئيس السابق بتوجيه تعليماته إلى مرؤوسيه برئاسة الجمهورية لدفع تكاليف أعمال التشطيبات والإنشاءات الخاصة به وأفراد أسرته فى ممتلكاتهم المذكورة من الميزانية العامة للدولة المخصصة لرئاسة الجمهورية.