ذكرت مصادر مطلعة ل"اليوم 24″ أن اجتماعا عقد، صباح اليوم الثلاثاء، بمقر وزارة التعليم العالي وتكوين الأطر، تم فيه الإعلان رسميا عن فصل كل من كلية الشريعة بآيت ملول وكلية الشريعة بالسمارة عن جامعة القرويين الأم بفاس، وإلحاقهما بجامعة ابن زهر بأكادير، والشيء نفسه تقرر في شأن كل من كلية أصول الدين بتطوان، التي أصبحت ملحقة بجامعة عبد المالك السعدي، وكلية اللغة العربية التي سيتم إلحاقها بجامعة القاضي عياض بمراكش. وأضافت المصادر ذاتها أن الوزير أكد، في كلمته للعمداء الحاضرين في الاجتماع، ضرورة محافظة هذه الكليات على طابعها ومقوماتها، والعمل على تحقيق اندماج سهل سلس مع الجامعات التي ستشرف عليها، مؤكدا أن ذلك سيعزز مبدأ الجهوية وتقريب إدارة الجامعة من المشرفين على التسيير الإداري للكليات ومن الطلبة. وقد صدر قرار بالجريدة الرسمية يحمل رقم 1.15.71، بمثابة ظهير شريف بتاريخ 24 يونيو 2015 تحت عنوان: "إعادة تنظيم جامعة القرويين"، يقضي بإعادة تنظيم الجامعة وتحديد مهام وقائمة المؤسسات التابعة لها، وكيفيات سيرها ونظام الدراسة والتكوين بها. وأكد الظهير، أن جامعة القرويين توضع تحت الرعاية السامية للملك، وتخضع لوصاية الدولة التي يمارسها وزير الأوقاف والشؤون الإسلامية، وهو ما يعني خروجها من قائمة الجامعات العادية التابعة لوزارة التعليم العالي. ويدير الجامعة، حسب النظام الجديد، مجلس يترأسه وزير الأوقاف والشؤون الإسلامية، ويتكون من الرئيس والأمين العام للمجلس العلمي الأعلى، ومدير التعليم التعليم العتيق بوزارة الأوقاف، ومدير جامع القرويين للتعليم النهائي العتيق، ومدير المدرسة القرآنية التابعة لمسجد الحسن الثاني، إضافة إلى أربعة علماء مغاربة، وممثلين عن الأساتذة والطلبة. وبناء على النظام الجديد، سيدخل تحت جامعة القرويين عدد من المؤسسات والمعاهد، من أهمها دار الحديث الحسنية، ومعهد محمد السادس للقراءات والدراسات القرآنية، ومعهد محمد السادس لتكوين الأئمة والمرشدين، والمعهد الملكي للبحث في تاريخ المغرب، ومعهد الفكر والحضارة الإسلامية في الدارالبيضاء، إضافة إلى جامع القرويين للتعليم النهائي العتيق بفاس.